先天畸形的發(fā)生原因不外遺傳因素、環(huán)境因素和兩者的相互作用。Wilson（1972)綜合分析了5次國際出生缺陷討論會的資料，發(fā)現(xiàn)遺傳因素引起的出生缺陷占25％，環(huán)境因素占10％，遺傳因素與環(huán)境因素相互作用和原因不明者占65％。
遺傳因素引起的先天畸形包括親代畸形的血緣傳和配子或胚體細胞的染色體畸變及基因突變。
染色體畸變包括染色體數(shù)目的異常和染色體結(jié)構(gòu)異常。染色體數(shù)目減少可引起先天畸形，常見于單體型。常染色體的單體型胚胎幾乎不能存活，性染色體的單體型胚胎約有97％死亡，3％成活，但有畸形，如先天性卵巢發(fā)育不全即Turner綜合征（45，xo)。染色體數(shù)目的增多也可引起畸形，多見于三體型(trisomy),如21號染色體的三體可引起先天愚型即Down綜合征,18號染色體的三體可引www.med126.com起Edward綜合征,13號染色體三體可引起Patau綜合征,性染色體三體（47，xxy)可引起先天性睪丸發(fā)育不全（即Klinefelter綜合征)。染色體的結(jié)構(gòu)畸變也可引起畸形，如5號染色體短臂末端斷裂缺失可引起貓叫綜合征。基因突變的發(fā)生次數(shù)盡管比染色體畸變多，但多不引起畸形，故因基因突變引起的畸形遠比染色體畸變引起的畸形少，主要有軟骨發(fā)育不全、腎上腺大、小頭畸形、無虹膜、多囊腎、皮膚松垂癥，睪丸女性化綜合征。
環(huán)境因素的致畸作用早在本世紀40年代就已被確認，能引起先天畸形的環(huán)境因素統(tǒng)為致畸因子（teratogen)。影響胚胎發(fā)育的環(huán)境有三個方面，即母體周圍的外環(huán)境、母體的內(nèi)環(huán)境和胚體周圍的微環(huán)境。這三個層次的環(huán)境中引起胚胎畸形的因素均稱為環(huán)境致畸因子。外環(huán)境中的致畸因子有的可穿過內(nèi)環(huán)境和微環(huán)境直接作用于胚體，有的則通過改變內(nèi)環(huán)境和微環(huán)境而間接作用于胚體。環(huán)境致畸因子主要有五類，即生物性致畸因子、物理性致畸因子、致畸性藥物、致畸性化學(xué)物質(zhì)和其它致畸因子。
1．生特性致畸因子有些致畸微生物可穿過胎盤屏障直接作用于胚體，有些則作用于母體和胎盤，引起母體發(fā)熱、缺氧、脫水、酸中毒等，或干擾胎盤的轉(zhuǎn)運功能，破壞胎盤屏障，從而間接地影響胚胎發(fā)育。目前已經(jīng)確定對人類胚胎有致畸作用的生物因子有：風疹病毒、巨細胞病毒、單純皰疹病毒、弓形體、梅毒螺旋體等。還有一些病毒，如流行性腮腺炎病毒、流感病毒等，對動物有明顯的致畸作用，但對人類有無致畸作用尚未確定。
2．物理性致畸因子 目前已確認的對人類有致畸作用的物理因子有射線、機械性壓迫和損傷等。另外，高溫、嚴寒、微波等在動物確有致畸作用，但對人類的致畸作用尚證據(jù)不足。
3．致畸性藥物 本世紀60年代“反應(yīng)停事件”后，藥物致畸作用引起人們的普遍重視，并對藥物進行嚴格的致畸檢測。反應(yīng)停又名酞胺哌喧酮，60年代在歐洲曾廣泛用于治療妊娠嘔吐，結(jié)果引起大量殘肢畸形兒的出生，釀成了所謂所謂反應(yīng)停事件。
多數(shù)抗腫瘤藥物有明顯的致畸作用，如氨基喋呤可引起無腦、小頭及四肢畸形；白血福恩、苯丁酸氮芥、環(huán)磷酰胺、6－巰基嘌呤等均能引起多種畸形。某些抗生素也有致畸作用。如孕期大劑量服用四環(huán)素可引起胎兒牙釉質(zhì)發(fā)育不全，大劑量應(yīng)用鏈霉素可引起先天性耳聾，大劑量應(yīng)用新生霉素可引起先天性白內(nèi)障和短指畸形等。某些抗驚厥藥物，如唑烷、乙內(nèi)酰脲、三甲雙酮；某些治療精神病的藥物，如酚噻嗪、嗅化鋰、安非他明；某些抗凝血藥，如芐丙酮香豆素、肝素；某些激素，如性激素，均有不同程度的致畸作用，可引起多種畸形，有些藥物在動物實驗中有明顯的致畸作用，但對人類有無致畸作用尚需進一步證實，如苯妥英鈉，可的松等。
4．致畸性化學(xué)物質(zhì) 在工業(yè)：“三廢”、農(nóng)藥、食品添加劑和防腐劑中，含有一些有致畸作用的化學(xué)物質(zhì)。目前已經(jīng)確認對人類有致畸作用的化學(xué)物質(zhì)有：某些多環(huán)芳香碳氫化合物，某些亞硝基化合物，某些烷基和苯類化合物，某些農(nóng)藥如敵枯雙，某些重金屬如鉛、砷、鎘、汞等。有些化學(xué)物質(zhì)對動物有明顯的致畸作用，但對人類胚胎的致畸作用尚待進一步證實。
5．其它致畸因子 洶酒、大量吸煙、缺氧、嚴重營養(yǎng)不良等均有致畸作用。孕期過量飲酒可引起多種畸形，稱胎兒酒精綜合征（fetal alcohol syndrome)，其主要表現(xiàn)是發(fā)育遲緩、小頭、小眼、短眼裂、眼距小等。吸煙的致畸作用越來越受到人們的重視。流行病學(xué)調(diào)查顯示，吸煙者所生的新生兒平均體重明顯低于不吸煙者，且吸煙越多其新生兒的體重越輕。第天吸煙不足10支的孕婦，其胎兒出現(xiàn)畸形的危險性增加90％。吸煙引起胎兒畸形主要是由于尼古丁使胎盤血管收縮,胎兒缺血,CO進入胎兒血液并使胎兒缺氧。另外，吸煙所產(chǎn)生的其它有害物質(zhì)，如氰酸鹽，也可影響胎兒的正常發(fā)育、吸煙不僅引起胎兒先天畸形gydjdsj.org.cn/yaoshi/，嚴重者可導(dǎo)致胎兒死亡和流產(chǎn)。
在畸形的發(fā)生中，環(huán)境因素與遺傳因素的相互作用是非常明顯的，這不僅表現(xiàn)在環(huán)境致畸因子通過引起染色體畸變和基因突變而導(dǎo)致先天畸形，而且更表現(xiàn)在胚腫的遺傳特性，即基因型決定和影響胚胎對致畸因子的易感程度。流行病學(xué)調(diào)查顯示，在同一地區(qū)同一自然條件下，同時懷孕的孕婦在一次風疹流行中都受到了感染，但其新生兒有的出現(xiàn)畸形，有的卻完全正常。出現(xiàn)這種情況的原因在于，每個胚胎對風疹病毒的易感性不同。決定這種易感性的主要因素是胚體結(jié)構(gòu)和生化特性，而這種結(jié)構(gòu)和生化特性取決于胚體的遺傳特性。對致畸因子的種間差異更是如此，如可的松對小白鼠有明顯的致畸作用（主要引起腭裂)，但對豬、猴等則幾乎無致畸作用。人類和其它靈長類動物對反應(yīng)停非常敏感，可引起殘肢畸形，但對靈長目之外的其它哺乳動物幾乎無致畸作用。
在環(huán)境因素與遺傳因素相互作用引起的先天畸形中，衡量遺傳因素所起作用的指標稱遺傳度。某種畸形的遺傳度越高，說明遺傳因素在該畸形發(fā)生中的作用越大。例如先天性心臟畸形的遺傳度為35％，先天性巨結(jié)腸的遺傳度為80％，脊柱裂為60％，無腦兒為60％，先天性髖關(guān)節(jié)脫位為70％，腭裂為76％，先天性幽門狹窄為75％。
