科學(xué)是由于社會(huì)實(shí)踐的需要而產(chǎn)生與發(fā)展起來的。古代人們與疾病流行作斗爭(zhēng)中，逐漸積累起對(duì)疾病流行的認(rèn)識(shí)并試圖加以解釋。從古代起，傳染病與非傳染病都可有大規(guī)模的發(fā)生，但傳染病的流行危害更大，所以觀察較多的是傳染病的流行。
中國(guó)古代殷墟甲骨文（距今3000多年前)已有“蟲”、“蠱”、“瘧疾”及滅蟲的記載。至遲至2300余年,中國(guó)的《史記》已用“疫”、“大疫”表示疾病的流行。當(dāng)時(shí)西方的Hippocrates用“流行病”表示疾病流行。這些也許可以認(rèn)為是流行病學(xué)的“萌芽”。
此后，疾病流行頻繁，特別是在饑荒、戰(zhàn)爭(zhēng)之后。從《史記》（公元前369年)起到明朝末年（1647年)，僅正史即記載95次大流行，238年有流行或大流行。西方也有多次影響重大的大流行，如公元前4世紀(jì)的Thycydides瘟疫、汝斯丁鼠疫；14世紀(jì)埃及鼠疫流行使該國(guó)1/4人口死亡。
在長(zhǎng)期疾病流行作斗爭(zhēng)時(shí)，積累起對(duì)疾病流行的認(rèn)識(shí)。人們開始推測(cè)是什么病原引起流行性疾病。中國(guó)古代認(rèn)為“蟲”（如認(rèn)為肺結(jié)核是“癆蟲”引起，疥是疥蟲引起的)、“戾氣”“癘氣”、（公元217年)、“風(fēng)”等等。西方Fracastoro(1546年)發(fā)表了《傳染物》一書，但直到19世紀(jì)中葉，活的傳染物的學(xué)說才在西方得到廣泛承認(rèn)。
隨著對(duì)傳染病不斷流行的觀察，認(rèn)識(shí)逐漸深入，如描述“戾氣”的傳播方式和流行的分布等（吳又可《瘟疫論》，1642年)。人們還注意到動(dòng)物病與人病的關(guān)系，如狂犬病、鼠疫等。師道南在《天愚集.鼠死行》（1736年)有生動(dòng)地描述：“東死鼠，西死鼠，人見死鼠如見虎，鼠死不幾日，人死如圻堵。晝死人，莫問數(shù)，日色慘淡愁云護(hù)，三人行，未十步，忽死兩人橫截路。”他已覺察到人間鼠疫與鼠死有關(guān)。印度的書籍中也有人間鼠疫與鼠死關(guān)系的記載。
當(dāng)人們認(rèn)識(shí)到傳染病可以傳播后，就開始采取措施，先是對(duì)麻風(fēng)病人隔離（《圣經(jīng)》已有記載，唐代設(shè)癘人坊)，晉（《晉書.王彪之傳》，356年)記載“朝臣家有時(shí)疫，染易三人以上者，身雖無疾，百日不得入宮�！�15世紀(jì)中意大利威尼斯規(guī)定外來船舶需在海港停留40天，進(jìn)行檢疫（quarantine)。
葛洪《肘后備急方》（342年)中記載用瘋狗腦敷被咬處以預(yù)防狂犬病。在宋真宗時(shí)（公元998～1022年)已用種人痘術(shù)預(yù)防天花，至遲16世紀(jì)下半葉已有種人痘的確實(shí)記載，18世紀(jì)20年代種人痘術(shù)已傳至土耳其、歐洲。18世紀(jì)末英國(guó)醫(yī)生Jenner發(fā)明接種牛痘預(yù)防天花。
人們還記載了許多預(yù)防污染病的方法，以現(xiàn)在知識(shí)水平來判斷，有許多可喜的成就，但也有不少無效（如紫草根預(yù)防麻疹)或錯(cuò)誤的記載，在當(dāng)時(shí)科學(xué)水平這些無效或錯(cuò)誤的記載是不足為奇的。
古代對(duì)于非傳染病也有一些記載。我國(guó)早就注意到禿發(fā)、甲狀腺腫，身體發(fā)育勻稱與水質(zhì)的關(guān)系(《呂氏春秋》，約公元前2～3世紀(jì))，氟斑牙與地區(qū)的關(guān)系（《養(yǎng)生學(xué)》，232～262年)，腳氣�。╞eriberi)與久食精白米的關(guān)系（公元2世紀(jì))。西方Hippocrates的著作中注重了疾病與地勢(shì)、氣流狀態(tài)、日照等等的關(guān)系。
16～18世紀(jì)（相當(dāng)我國(guó)明朝中葉到清朝中葉)歐洲進(jìn)入資本主義發(fā)展時(shí)期（文藝復(fù)興)，科學(xué)迅速發(fā)展。Pasteur、Koch、MeЧникоB奠定與發(fā)展了微生物學(xué)與免疫學(xué)，對(duì)于傳染病的流行病學(xué)起了促進(jìn)作用。隨著統(tǒng)計(jì)學(xué)的發(fā)展，許多統(tǒng)計(jì)方法被引入流行病學(xué)。流行病學(xué)除了應(yīng)用直接觀察法外，還開始應(yīng)用對(duì)比分析法。在此時(shí)期西方開始創(chuàng)建有關(guān)流行病學(xué)學(xué)術(shù)組織及出版刊物。我國(guó)在該時(shí)期有關(guān)流行病學(xué)的記載可見于《瘟疫論》（吳又可，1642年)、《醫(yī)通》（張璐，1695年)、《治疫全書》（熊立品，1777年)、《避疫說》（吳子存，1891年)等書。
19世紀(jì)末20世紀(jì)初，流行病學(xué)有了飛速的發(fā)展。John Snow對(duì)倫敦霍亂的分析是流行病學(xué)發(fā)展史中重要的一頁，有人將其工作認(rèn)為現(xiàn)在流行病學(xué)的開始。19世紀(jì)中葉倫敦流行霍亂。Snow研究分析了倫敦不同地區(qū)霍亂死亡人數(shù)，發(fā)現(xiàn)由兩個(gè)不同的供水公司供水區(qū)霍亂死亡率相差懸殊，見表1-1。死亡率高的公司供應(yīng)的水質(zhì)不如另外的公司。倫敦寬街霍亂死亡病例標(biāo)點(diǎn)地圖表明死亡病人均為寬街水井供水居民，并發(fā)現(xiàn)該水井被附近一下水道所污染。根據(jù)這些發(fā)現(xiàn)，Snow提出霍亂病原存在于腸道，隨糞便排出污染飲水，人喝被污染的水而被感染發(fā)病。其后30年才從糞便中分離到霍亂弧菌。
表1-1 1854年7月8日至8月26日倫敦兩個(gè)供水公司供水區(qū)的霍亂死亡人數(shù)
| 供水公司 | 人口數(shù) | 霍亂死亡人數(shù) | 霍亂死亡率（‰) |
| Southwark | 167654 | 644 | 5.0 |
| Lambeth | 19133 | 16 | 0.9 |
我國(guó)近代流行病學(xué)可以認(rèn)為始于伍連德（1877～1960年)。他對(duì)鼠疫、霍亂均有專著，確定旱獺為鼠疫的傳染源之一。1910～1911年發(fā)生在我國(guó)東北的鼠疫流行，經(jīng)調(diào)查研究伍連德證實(shí)為肺鼠疫流行。
20世紀(jì)中葉Stallybrass和громащевский形成了系統(tǒng)的有關(guān)傳染病流行病學(xué)的理論，并有專著出版。隨著病毒學(xué)的發(fā)展，新發(fā)現(xiàn)了許多病毒學(xué)傳染病，于20世紀(jì)80年代發(fā)現(xiàn)了艾滋病（AIDS)。隨著分子生物學(xué)的發(fā)展，形成分子流行病學(xué)的分支。在傳染病防治方面取得了全球消滅天花的輝煌成就。目前正在進(jìn)行消滅龍線蟲病（dracunculiasis)及脊髓灰質(zhì)炎的戰(zhàn)斗。
