一、樣品處理
DNA是染色體的主要組成部分,是PCR的擴增模板。要進行PCR,研究DNA結構與功能或者用于診斷目的,首先必須從生物體內(nèi)提取DNA。DNA往往以核蛋白形式存在,其分子量大(人的染色體DNA平均大小為3.0×109bp),提取DNA應盡量保持DNA完整性和純度,即在提取中盡量避免機械張力引起的DNA分子降解,又要注意雜質(zhì)及蛋白的去除,防止胞內(nèi)酶解DNA。因此,提取DNA的基本過程是:用Proteinase K及SDS,在EDTA存在下,裂解細胞,消化蛋白質(zhì),使核蛋白解聚及胞內(nèi)DNA酶失活,然后用酚/氯仿多次提取去除蛋白質(zhì),在DNA中若混有少量RNA,可用RNase去除,最后用乙醇沉淀得到DNA。
理論上PCR對模板DNA純度及完整性要求并不高,細胞經(jīng)過熱變性使DNA釋出就可以作為模板,依賴引物的選擇性進行擴增。這對拷貝數(shù)很多的基因組,確實如此。但當待擴增的拷貝數(shù)甚少而無關細胞甚多時則擴增就不易成功,其原因是:①非希望的擴增增多,掩蓋了所需擴增的片段,使其數(shù)量減少至不能檢測到的程度。②生物樣品中的雜質(zhì)會抑制PCR反應,最主要的是血液和瓊脂糖。例如在100μl反應液中加入1μl全血就可引起抑制,0.8μmol/L的血紅素也會引起明顯的抑制。對于含血液的樣品,可以用滲透壓溶解紅細胞,離心集取細胞核,洗除血紅蛋白,再用蛋白酶/表面活性劑處理的方法來解決。另一簡單的方法是煮沸之,使釋放DNA,并沉淀Hb,用上清液作PCR。
現(xiàn)將PCR前處理各種標本的基本方法介紹如下:
1.所需溶液
(1)PBs 0.85% W/V NaCl,66mmol/L Na3PO4 pH7.0
。2)含表面活性劑及蛋白酶K的PCR緩沖液
50mmol/L KCl, 10mmol/L Tris-HCl(pH8.3) 2.5mmol/L MgCl2
0.1mg/ml明膠,0.45%NP40,0.45%吐溫20
高壓滅菌,冷凍儲存。臨用前加0.6μl的10mg/ml蛋白酶K(水溶液)至100μl溶液中。
。3)溶血緩沖液
0.32mol/L蔗糖,10mmol/L Tris-HCl pH7.5
5mmol/L MgCl2,1% Triton X-100
2.提取方法
。1)用聚蔗糖-泛影葡胺梯度法從血液或培養(yǎng)細胞分離的單核細胞(當PBC〈10%細胞數(shù)時用此程序)
、賹⒓毎麡悠酚肞BS稀釋至10ml,置15ml錐形離心管中;
、100×g離心2~5min,吸去上清;
、奂毎賾腋∮10ml PBS中重新離心洗滌;
④沉淀物懸浮于溶液2中,使細胞濃度約為6×106/ml,移至1.5ml管中;
、50~60℃保溫1h;
、95℃保溫10min使蛋白酶變性;
、呃鋬鰞Υ。
如果RBC多于細胞的10%,則用PBS洗1次(步驟1,2)后,懸浮于1ml溶液3,并轉移至1.5ml離心管中,如程序B-2離心1次,再懸浮于溶液2中按程序A-4繼續(xù)進行。醫(yī).學.全.在線.網(wǎng).站.提供
。2)全血:此法使胞膜溶解故胞漿DNA丟失,約可得20μg DNA/0.5ml血。
①0.5ml全血與0.5ml溶液3共置1.5ml管中;
、13000×g離心20s;
、畚ド锨澹1ml溶液3,旋渦混合使沉淀重新懸;
④重復第2,3步2次;
、13000×g離心2s,吸去上清,懸浮于0.5ml溶液2中;
、薨闯绦駻5~7步進行。
。3)拭子
、儆肞BS預溫的試子從宮頸、陰道或陰莖采樣;
、谑米又萌2ml PBS(含抗霉劑)于15ml離心管中,室溫可保存24h,置4℃可保存更長時間。也可用旋渦混合器振蕩使細胞加速游離;
、廴∪ナ米,2000~13000×g離心5min,吸去上清;
、苋绾琑BC則加1ml溶液3,轉移至1.5ml E管中,按程序B-2開始進行;
、萑绮缓琑BC則加溶液2,按程序A-4進行。