DNA雙螺旋(DNA double helix)：
一種核酸的構象，在該構象中，兩條反向平行的多核苷酸鏈圍繞彼此纏繞形成一個右手的雙螺旋結構。堿基位于雙螺旋內(nèi)側,磷酸與糖基在外側，通過磷酸二酯鍵相連,形成核酸的骨架。堿基平面與假想的中心軸垂直,糖環(huán)平面則與軸平行。兩條鏈皆為右手螺旋。雙螺旋的直徑為2nm，堿基堆積距離為0.34nm，兩核苷酸之間的夾角是36°，每對螺旋由10對堿基組成，堿基按A-T, G-C配對互補，彼此以氫鍵相連系。維持DNA雙螺旋結構穩(wěn)定的力主要是堿基堆積力。雙螺旋表面有兩條寬窄、深淺不一的一個大溝和一個小溝。
大溝(major groove)和小溝(minor groove)：
繞B-DNA雙螺旋表面上出現(xiàn)的螺旋槽（溝)，寬的溝稱之大溝，窄溝稱之小溝。大溝、小溝都是由于堿基對堆積和糖-磷酸骨架扭轉造成的。
DNA超螺旋（DNA supercoiling):DNA本身的卷曲，一般是DNA雙螺旋的彎曲、欠旋（負超螺旋)或過旋（正超螺旋)的結果。
拓撲異構酶（topoisomerase):
通過切斷DNA的一條或兩條鏈中的磷酸二酯鍵，然后重新纏繞和封口來改變DNA連環(huán)數(shù)的酶。拓撲異構酶I通過切斷DNA中的一條鏈減少負超螺旋，增加一個連環(huán)數(shù)；而拓撲異構酶II切斷DNA的兩條鏈增加負超螺旋，減少2 個連環(huán)數(shù)。某些拓撲異構酶II也稱之DNA促旋酶。
核小體（nucleosome)：用于包裝染色質的結構單位，是由DNA鏈繞一個組蛋白核纏繞構成的。
染色質(chromatin)：是存在于真核生物間期細胞核內(nèi)，易被堿性染料著色的一種無定形物質。染色質中含有作為骨架的完整的雙鏈DNA，以及組蛋白、非組蛋白和少量的RNA。
染色體(chromosome)：
是染色質在細胞分裂過程中經(jīng)過緊密纏繞、折疊、凝縮和精細包裝形成的具有固定形態(tài)的遺傳物質存在形式。簡言之，染色體是一個大的單一的雙鏈DNA分子與相關蛋白質組成的復合物，DNA中含有許多基因，貯存和傳遞遺傳信息。
DNA變性(DNA denaturation)：DNA雙鏈解鏈分離成兩條單鏈的現(xiàn)象。
退火（annealing): 即DNA由單鏈復性變成雙鏈結構的過程。來源相同的DNA單鏈經(jīng)退火后完全恢復雙鏈結構，同源DNA之間、DNA和RNA之間退火后形成雜交分子。
融解溫度(melting temperature, Tm)：雙鏈DNA融解徹底變成單鏈DNA的溫度范圍的中點溫度。
增色效應（hyperchromic effect)：當雙螺旋DNA融解（解鏈)時，260nm處紫外吸收增加的現(xiàn)象。
減色效應（hypochromic effect)：隨著核酸復性，紫外吸收降低的現(xiàn)象。
核酸內(nèi)切酶(endonuclease)：核糖核酸酶和脫氧核糖核酸酶中能夠水解核酸分子內(nèi)磷酸二酯鍵的酶。
核酸外切酶(exonuclease)：從核酸鏈的一端逐個水解下核苷酸的酶。
限制性內(nèi)切酶（restriction endonucleases):一種在特殊核苷酸序列處水解雙鏈DNA的內(nèi)切酶。I型限制性內(nèi)切酶既催化宿主DNA的甲基化，又催化非甲基化的DNA的水解；而II型限制性內(nèi)切酶只催化非甲基化的DNA的水解。
限制酶圖譜(restriction map)：
同一DNA用不同的限制酶進行切割從而獲得各種限制酶的切割位點，由此建立的位點圖譜有助于對DNA的結構進行分析。
反向重復序列 (inverted repeat sequence)：
在同一多核苷酸鏈內(nèi)的相反方向上存在的重復的核苷酸序列。在雙鏈DNA中反向重復可能引起十字形結構的形成。
重組DNA技術（recombination DNA technology):
也稱之基因工程(genomic engineering)。利用限制性內(nèi)切酶和載體，按照預先設計的要求，將一種生物的某種目的基因和載體DNA重組后轉人另一生物細胞中進行復制、轉錄和表達的技術。
基因（gene):也稱之順反子（cistron)。泛指被轉錄的一個DNA片段。在某些情況下，基因常用來指編碼一個功能蛋白或RNA分子的DNA片段。
分解代謝反應（catabolic reaction):降解復雜分子為生物體提供小的構件分子和能量的代謝反應。
合成代謝反應（anabolic reaction)：合成用于細胞維持和生長所需要的分子的代謝反應。
反饋抑制（feedback inhibition)：催化一個代謝途徑中前面反應的酶受到同一途徑的終產(chǎn)物抑制的現(xiàn)象。
前饋激活（feed-forward activation)：代謝途徑中一個酶被該途徑中前面產(chǎn)生的代謝物激活的現(xiàn)象。
標準自由能變化（ΔG°)（standard free-energy change):
在一系列標準條件（溫度：298K；壓力：1個大氣壓；所有溶質的濃度都是1M)下發(fā)生的反應的自由能變化。ΔG°ˊ表示pH7.0條件下的標準自由能變化。
標準還原電位（E°ˊ)（standard reduction potential)：
25℃和pH7.0條件下一個還原劑和它的氧化形式在1M濃度下表現(xiàn)出的電動勢。
酵解(glycolysis)：一個由10步酶促反應組成的糖分解代謝途徑，通過該途徑，一分子葡萄糖轉換為兩分子丙酮酸，同時凈生成兩分子ATP和兩分子NADH。
發(fā)酵(fermentation)：營養(yǎng)分子（例如葡萄糖)產(chǎn)能的厭氧降解，在乙醇發(fā)酵中，丙酮酸轉化為乙醇和CO2。
巴斯德效應(Pasteur effect)：氧存在下，酵解速度放慢的現(xiàn)象。
底物水平磷酸化(substrate phosphorylation)：
ADP或某些其它的核苷-5ˊ-二磷酸的磷酸化是通過來自一個非核苷酸底物的磷酰基的轉移實現(xiàn)的。這種磷酸化與電子傳遞鏈無關。
檸檬酸循環(huán)（citric acid cycle):
也稱之三羧酸循環(huán)(tricarboxylic acid cycle)，Krebs 循環(huán)（Krebs cycle)。是用于乙酰CoA中的乙酰基氧化生成CO2的酶促反應的循環(huán)系統(tǒng)，該循環(huán)的第一步反應是由乙酰CoA和草酰乙酸縮合形成檸檬酸。
回補反應（anaplerotic reaction)：酶催化的補充檸檬酸循環(huán)中間代謝物的供給的反應，例如由丙酮酸羧化生成草酰乙酸的反應。
乙醛酸循環(huán)（glyoxylate cycle):
是某些植物、細菌和酵母中檸檬酸循環(huán)的修改形式，通過該循環(huán)可以由乙酰CoA經(jīng)草酰乙酸凈生成葡萄糖。乙醛酸循環(huán)繞過了檸檬酸循環(huán)中生成兩個CO2的步驟。
戊糖磷酸途徑（pentose phosphate pathway)：
也稱之磷酸己糖支路（hexose monophosphate shunt)。是一個葡萄糖-6-磷酸經(jīng)代謝產(chǎn)生NADPH和核糖-5-磷酸的途徑。該途徑包括氧化和非氧化兩個階段，在氧化階段，葡萄糖-6-磷酸轉化為核酮糖-5-磷酸和CO2,并生成兩分子的NADPH；在非氧化階段，核酮糖-5-磷酸異構化生成核糖-5-磷酸或轉化為酵解中的兩個中間代謝物果糖-6-磷酸和甘油醛-3-磷酸。
糖醛酸途徑(glucuronate pathway)：
從葡萄糖-6-磷酸或葡萄糖-1-磷酸開始，經(jīng)UDP-葡萄糖醛酸生成葡萄糖醛酸和抗壞血酸的途徑。但只有在植物和那些可以合成抗壞血酸（維生素C)動物體內(nèi)，通過該途徑可以合成維生素C。
無效循環(huán)（futile cycle)：
也稱之底物循環(huán)（substrate cycle)。一對催化兩個途徑的中間代謝物之間循環(huán)的方向相反、代謝上不可逆的反應。有時該循環(huán)通過ATP的水解導致熱能的釋放。例如，葡萄糖＋ATP＝葡萄糖-6-磷酸＋ADP與葡萄糖-6-磷酸＋H2O＝葡萄糖＋Pi反應組成的循環(huán)反應，其凈反應實際上是ATP＋H2O＝ADP＋Pi。
磷酸解（作用)（phosphorolysis):在分子內(nèi)通過引入一個無機磷酸形成磷酸酯鍵而使原來鍵斷裂的方式。實際上引入了一個磷�；�。
半乳糖血癥（galactosemia):人類的一種基因型遺傳代謝缺陷，特點是由于缺乏1-磷酸半乳糖尿苷酰轉移酶導致嬰兒不能代謝奶汁中乳糖分解生成的半乳糖。
尾部生長（tailward growth):一種聚合反應機理，經(jīng)過活化的單體的頭部結到聚合物的尾部，連接到聚合物尾部的單體的尾部又成了接收下一個單體的受體。
糖異生作用(gluconeogenesis)：
由簡單的非糖前體轉變?yōu)樘堑倪^程。糖異生不是糖酵解的簡單逆轉。雖然由丙酮酸開始的糖異生利用了糖酵解中的7步近似平衡反應的逆反應，但還必須利用另外4步酵解中不曾出現(xiàn)的酶促反應繞過酵解中的三個不可逆反應。
呼吸電子傳遞鏈（respiratory electron-transport chain)：
由一系列可作為電子載體的酶復合體和輔助因子構成，可將來自還原型輔酶或底物的電子傳遞給有氧代謝的最終電子受體分子氧（O2)。
氧化磷酸化(oxidative phosphorylation)：
電子從一個底物傳遞給分子氧的氧化與酶催化的由ADP和Pi生成ATP的磷酸化相偶聯(lián)的過程。
化學滲透理論(chemiosmotic theory)：
一種學說，主要論點是底物氧化期間建立的質子濃度梯度提供了驅動由ADP和Pi形成ATP的能量。
解偶聯(lián)劑（uncoupling agent):一種使電子傳遞與ADP磷酸化之間的緊密偶聯(lián)關系解除的化合物，例如2,4-二硝基苯酚。
P/O比(P/O ratio)：
在氧化磷酸化中，每1/2O2被還原時形成的ATP的摩爾數(shù)。電子從NADH傳遞給O2時，P/O比為3，而電子從FADH2傳遞給O2時，P/O比為2。
高能化合物(high energy compound)：在標準條件下水解時自由能大幅度減少的化合物。一般是指水解釋放的能量能驅動ADP磷酸化合成ATP的化合物。
葉綠體（chloroplast)：藻類和植物中含有葉綠素進行光合作用的器官。
葉綠素（chlorophyll)：光合作用膜中的綠色色素，它是光合生物中主要的捕獲光的成分。
輔助色素（accessory pigments):在植物和光合細菌中象類胡蘿卜素、葉黃素和藻膽（色)素那樣吸收可見光的色素，這類色素是對葉綠素捕獲光能的補充。
光合作用(photosynthesis)：綠色植物或光合細菌利用光能將CO2轉化成有機化合物的過程。
光合磷酸化(photophosphorylation)：在葉綠體ATP合成酶催化下依賴于光的由ADP和Pi合成ATP的過程。
光反應(light reactions)：光合色素將光能轉變成化學能并形成ATP和NADPH的過程。
暗反應(dark reactions)：利用光反應生成的ATP和NADPH的化學能使CO2還原成糖或其它有機物的一系列酶促過程。
Calvin 循環(huán)（Cavin cycle):
也稱之還原戊糖磷酸循環(huán)（RPP cycle: reductive pentose phosphate cycle)，C3途徑（C3 pathway)。在光合作用期間，將CO2還原轉化為糖的反應循環(huán)。是植物用于固定二氧化碳生成磷酸丙糖的循環(huán)途徑。
C4途徑（C4 pathway)：
一些植物中固定碳的途徑，其特點是通過使CO2濃縮減少光呼吸。在該途徑中，在葉肉細胞CO2被整合到C4酸中，然后C4酸在維管束鞘細胞被脫羧，釋放出的CO2被Calvin 循環(huán)利用。
光呼吸（photorespiration)：
植物依賴光攝取氧進行磷酸乙醇酸代謝的過程。光呼吸之所以發(fā)生是由于O2可以與CO2競爭核酮糖-1,5-二磷酸羧化氧化酶的活性部位。
β氧化途徑(βoxidation pathway)：
是脂肪酸氧化分解的主要途徑，脂肪酸被連續(xù)地在β碳氧化降解生成乙酰CoA，同時生成NADH和FADH2，因此可產(chǎn)生大量的ATP。該途徑因脫氫和裂解均發(fā)生在β位碳原子而得名。每一輪脂肪酸β氧化都是由4步反應組成：氧化、水化、再氧化和硫解。
肉毒堿穿梭系統(tǒng)（carnitine shuttle system):脂酰CoA通過形成脂酰肉毒堿從細胞質轉運到線粒體的一個穿梭循環(huán)途徑。
酮體(acetone body)：在肝臟中由乙酰CoA合成的燃料分子（β羥基丁酸、乙酰乙酸和丙酮)。在饑餓期間酮體是包括腦在內(nèi)的許多組織的燃料，酮體過多將導致中毒。
檸檬酸轉運系統(tǒng)（citrate transport system):
將乙酰CoA從線粒體轉運到細胞質的穿梭循環(huán)途徑。在轉運乙酰CoA的同時，細胞質中的NADH氧化成NAD＋、NADP＋還原為NADPH。每循環(huán)一次消耗2分子ATP。
�；d體蛋白（ACP, acyl carrier protein)：通過硫酯鍵結合脂肪酸合成的中間代謝物的蛋白質（原核生物)或蛋白質的結構域（真核生物)。
生物固氮作用(Biological nitrogen fixation)：大氣中的氮被還原為氨的過程。生物固氮只發(fā)生在少數(shù)的細菌和藻類中。
尿素循環(huán)（urea cycle):是一個由4步酶促反應組成的可以將來自氨和天冬氨酸的氮轉化為尿素的代謝循環(huán)。該循環(huán)是發(fā)生在脊椎動物肝臟中的一個代謝循環(huán)。
脫氨(deamination)：在酶的催化下從生物分子（氨基酸或核苷酸分子)中除去氨基的過程。
氧化脫氨（oxidative deamination)：α-氨基酸在酶的催化下脫氨生成相應α-酮酸的過程。氧化脫氨過程實際上包括脫氫和水解兩個步驟。
轉氨酶（transaminases)：也稱之氨基轉移酶（aminotransferases)。催化一個α-氨基酸的α-氨基向一個α-酮酸轉移的酶。
轉氨(transamination)：一個α-氨基酸的α-氨基借助轉氨酶的催化作用轉移到一個α-酮酸的過程。
乒乓反應（ping-pong reaction)：
在該反應中，酶結合一個底物并釋放出一個產(chǎn)物，留下一個取代酶，然后該取代酶再結合第二個底物和釋放出第二個產(chǎn)物，最后酶恢復到它的起始狀態(tài)。
生糖氨基酸(glucogenic amino acids)：那些降解能生成可作為糖異生前體分子，例如丙酮酸或檸檬酸循環(huán)中間代謝物的氨基酸。
生酮氨基酸(acetonegenic amino acid)：那些降解可生成乙酰CoA或酮體的氨基酸。
苯酮尿癥（phenylketonuria):
是由于苯丙氨酸羥化酶缺乏引起苯丙酮酸堆積的代謝遺傳病。缺乏苯丙氨酸羥化酶，苯丙氨酸只能靠轉氨生成苯丙酮酸，病人尿中排出大量苯丙酮酸。苯丙酮酸堆積對神經(jīng)有毒害，智力發(fā)育出現(xiàn)障礙。
尿黑酸癥（alcaptonuria):
是酪氨酸代謝中缺乏尿黑酸氧化酶引起的代謝遺傳病。這種病人尿中含有尿黑酸，在堿性條件下暴露于氧氣氧化并聚合為類似于黑色素的物質，從而使尿成黑色。
核苷磷酸化酶(nucleoside phosphorylase)：能分解核苷生成含氮堿和戊糖的磷酸酯的酶。
核苷水解酶(nucleoside hydrolase)：能分解核苷生成含氮堿和戊糖的酶。
從頭合成(de novo synthesis )：
生物體內(nèi)用簡單的前體物質合成生物分子的途徑，例如核苷酸的從頭合成。
補救途徑(salvage pathway)：
與從頭合成途徑不同，生物分子的合成，例如核苷酸可以由該類分子降解形成的中間代謝物，如堿基等來合成，該途徑是一個再循環(huán)途徑。
痛風（gout)：
是尿酸過量生產(chǎn)或尿酸排泄不充分引起的尿酸堆積造成的，尿酸結晶堆積在軟骨、軟組織、腎臟以及關節(jié)處。在關節(jié)處的沉積會造成劇烈的疼痛。
別嘌呤醇（allopurinol)：是結構上（嘌呤環(huán)上第7位是C，第8位是N)類似于次黃嘌呤的化合物，對黃嘌呤氧化酶有很強抑制作用，常用來治療痛風。
自殺抑制作用（suicide substrate)：底物類似物經(jīng)酶催化生成的產(chǎn)物變成了該酶的抑制劑。例如別嘌呤醇對黃嘌呤氧化酶的抑制就屬于這種抑制類型。
Lesch-Nyhan綜合癥（Lesch-Nyhan )：
也稱之自毀容貌癥，是由于次黃嘌呤-鳥嘌呤磷酸核糖轉移酶的遺傳缺陷引起的。缺乏該酶使得次黃嘌呤和鳥嘌呤不能轉換為IMP和GMP，而是降解為尿酸，過量尿酸將導致Lesch-Nyhan綜合癥。
激素（hormone)：一類由內(nèi)分泌組織合成的微量的化學物質，它由血液運輸?shù)桨薪M織，起著一個信使的作用調(diào)節(jié)靶組織（器官)的功能。
激素受體（hormone receptor)：
位于細胞表面或細胞內(nèi)結合特異激素并引發(fā)細胞響應的蛋白質。
第二信使(second messenger)：響應外部信號（第一信使)，例如激素而在細胞內(nèi)合成的效應分子，例如cAMP、肌醇三磷酸或二�；视偷取５诙攀乖偃フ{(diào)節(jié)靶酶，引起細胞內(nèi)各種效應。
級聯(lián)放大(cascade)：
在體內(nèi)的不同部位，通過一系列的酶促反應來傳遞一個信息，并且初始信息在傳到系列反應的最后時，信號得到放大，這樣的一個系列叫做級聯(lián)系統(tǒng)。最普通的類型是蛋白水解和蛋白質磷酸化的級聯(lián)放大。
G蛋白(G proteins)：
在細胞內(nèi)信號傳導途徑中起著重要作用的GTP結合蛋白質，由α、β、γ三個不同亞基組成。與激素受體結合的配體誘導GTP與G蛋白結合的GDP進行交換，結果激活位于信號傳導途徑中下游的腺苷酸環(huán)化酶。G蛋白將胞外的第一信使腎上腺素等激素和胞內(nèi)的腺苷酸環(huán)化酶催化的腺苷酸環(huán)化生成的第二信使cAMP聯(lián)系起來。G蛋白具有內(nèi)源GTP酶活性。
激素效應元件（hormone response elements, HRE)：
是指類固醇、甲狀腺素等激素受體結合的一段短的DNA序列（12～20bp)，這類受體結合DNA后可改變相鄰基因的表達。
半保留復制(semiconservative replication)：
DNA復制的一種方式。每條鏈都可用作合成互補鏈的模板，合成出兩分子的雙鏈DNA，每個分子都是由一條親代鏈和一條新合成的鏈組成。
復制叉（replication forks)：Y字型結構，在復制叉處作為模板的雙鏈DNA解旋，同時合成新的DNA鏈。
DNA聚合酶（DNA polymerase)：
以 DNA為模板催化核苷酸殘基加到已存在的聚核苷酸的3ˊ末端反應的酶。某些DNA聚合酶具有外切核酸酶的活性，可用來校正新合成的核苷酸序列。
Klenow 片段(Klenow fragment)：
E.coli DNA聚合酶I經(jīng)部分水解生成的C末端605個氨基酸殘基片段。該片段保留了DNA聚合酶I 的5ˊ-3ˊ聚合酶和3ˊ-5ˊ外切酶活性，但缺少完整酶的5ˊ-3ˊ外切酶活性。
前導鏈（leading strand)：與復制叉移動的方向一致，通過連續(xù)地5ˊ→3ˊ聚合合成的新的DNA鏈。
滯后鏈（lagging strand)：與復制叉移動的方向相反，通過不連續(xù)地5ˊ→3ˊ聚合合成的新的DNA鏈。
岡崎片段(Okazaki fragments)：
相對比較短的DNA鏈（大約1000核苷酸殘基)，是在DNA的滯后鏈的不連續(xù)合成期間生成的片段，這是Reiji Okazaki 在DNA合成實驗中添加放射性的脫氧核苷酸前體觀察到的。
引發(fā)體（primosome):一種多蛋白復合體，E.coli中的引發(fā)體包括催化滯后鏈不連續(xù)DNA合成所需要的短的RNA引物合成的引發(fā)酶、解旋酶。
復制體(replisome)：一種多蛋白復合體，包含DNA聚合酶、引發(fā)酶、解旋酶、單鏈結合蛋白和其它輔助因子。復制體位于每個復制叉處執(zhí)行著細菌染色體DNA復制的聚合反應。
單鏈結合蛋白（SSB，single-strand binding protein):
一種與單鏈DNA結合緊密的蛋白質，它的結合可以防止復制叉處的單鏈DNA本身重新折疊回雙鏈區(qū)。
滾環(huán)復制（rolling-circle replication)：
復制環(huán)狀DNA的一種模式，在該模式中，DNA聚合酶結合在一個缺口鏈的3ˊ端，繞環(huán)合成與模板鏈互補的DNA，每一輪都是新合成的DNA取代前一輪合成的DNA。
逆轉錄酶（reverse transcriptase):
一種催化以RNA為模板合成DNA的DNA聚合酶，具有RNA指導的DNA合成、水解RNA和DNA指導的DNA合成的酶活性。
互補DNA (cDNA , complementary DNA)：通過逆轉錄酶由mRNA模板合成的雙鏈DNA。
聚合酶鏈式反應（PCR, polymerase chain reaction):
擴增樣品中的DNA量和富集眾多DNA分子中的一個特定DNA序列的一種技術。在該反應中，使用與目的DNA序列互補的寡核苷酸作為引物，進行多輪的DNA合成。其中包括DNA變性、引物退火和在Taq DNA聚合酶催化下的DNA合成。
直接修復（direct repair):
是通過一種可連續(xù)掃描DNA，識別出損傷部位的蛋白質將損傷部位直接修復的方法。該修復方法不用切斷DNA或切除堿基。
切除修復（excision repair):
通過切除-修復內(nèi)切酶使DNA損傷消除的修復方法。一般是切去損傷區(qū)，然后在DNA聚合酶的作用下以露出的單鏈為模板合成新的互補鏈，最后用連接酶將缺口連接起來。
錯配修復（mismatch repair):
在含有錯配堿基的DNA分子中使正常核苷酸序列恢復的修復方式。這種修復方式的特點是：識別出正確的鏈，切除掉不正確鏈的部分，然后通過DNA聚合酶和DNA連接酶的作用合成正確配對的雙鏈DNA。
遺傳學中心法則（genetic central dogma):
描述從一個基因到相應蛋白質的信息流的途徑。遺傳信息貯存在DNA中，DNA被復制傳給子代細胞，信息被拷貝或由DNA被轉錄成RNA，然后RNA被翻譯成多肽鏈。不過由于逆轉錄酶的發(fā)現(xiàn)，也可以以RNA為模板合成DNA。
轉錄（transcription):在由RNA聚合酶和輔助因子組成的轉錄復合體的催化下，從雙鏈DNA分子中拷貝生物信息生成單一一條RNA鏈的過程。
模板鏈(template strand)：
可作為模板轉錄為RNA的那條鏈，該鏈與轉錄的RNA堿基互補（A-U, G-C)。在轉錄過程中，RNA聚合酶與模板鏈結合，并沿著模板鏈的3ˊ→5ˊ方向移動，按照5ˊ→3ˊ方向催化RNA的合成。
編碼鏈（coding strand)：雙鏈DNA中，不能進行轉錄的那條DNA鏈,該鏈的核苷酸序列與轉錄生成的RNA的序列一致（在RNA中是以U取代了DNA中的T)。
核心酶(core enzyme)：
大腸桿菌的RNA聚合酶全酶由五個亞基（α2ββ'δ)組成，沒有δ亞基的酶叫核心酶。核心酶只能使已開始合成的RNA鏈延長，但不具有起始合成RNA的能力，必需加入δ亞基才表現(xiàn)出全部聚合酶的活性。
RNA聚合酶(RNA polymerase)：以一條DNA鏈或RNA為模板催化由核苷-5ˊ-三磷酸合成RNA的酶。
啟動子（promoter): NA分子中RNA聚合酶能夠結合并導致轉錄起始的序列。
內(nèi)含子（introns)：在轉錄后的加工中，從最初的轉錄產(chǎn)物除去的內(nèi)部的核苷酸序列。術語內(nèi)含子也指編碼相應RNA內(nèi)含子的DNA中的區(qū)域。
外顯子（exons)：既存在于最初的轉錄產(chǎn)物中，也存在于成熟的RNA分子中的核苷酸序列。術語外顯子也指編碼相應RNA外顯子的DNA中的區(qū)域。
終止因子(termination factors)：協(xié)助RNA 聚合酶識別終止信號的輔助因子（蛋白質)。
核酶（ribozymes)：具有象酶那樣催化功能的RNA分子。
剪接體（spliceosome):大的蛋白質-RNA復合體，它催化內(nèi)含子從mRNA前體中除去的反應。
RNA加工過程（RNA processing)：
將一個RNA原初轉錄產(chǎn)物轉換成成熟RNA分子的反應過程。加工包括從原初轉錄產(chǎn)物中刪除一些核苷酸，添加一些基因沒有編碼的核苷酸，和對某些堿基進行共價修飾。
RNA剪接（RNA splicing)：從DNA模板鏈轉錄出的最初轉錄產(chǎn)物中除去內(nèi)含子，并將外顯子連接起來形成一個連續(xù)的RNA分子的過程。
翻譯（translation)：在蛋白質合成期間將存在于mRNA上代表一個多肽鏈的核苷酸殘基序列轉換為多肽鏈氨基酸殘基序列的過程。
遺傳密碼（genetic code):
核酸中的核苷酸殘基序列與蛋白質中的氨基酸殘基序列之間的對應關系。連續(xù)的3個核苷酸殘基序列為一個密碼，特指一個氨基酸。標準的遺傳密碼是由64個密碼組成的，幾乎為所有生物通用。
起始密碼（iniation codon)：指定蛋白質合成起始位點的密碼。最常見的起始密碼是蛋氨酸密碼：AUG。
終止密碼（termination codon)：
任何tRNA分子都不能正常識別的、但可被特殊蛋白結合并引起新合成的肽鏈從翻譯機器上釋放的密碼。存在三個終止密碼：UAG，UAA和UGA。
密碼子(codon)：
mRNA（或DNA)上的三聯(lián)體核苷酸殘基序列，該序列編碼著一個指定的氨基酸，tRNA的反密碼子與mRNA的密碼子互補。
反密碼子（anticodon):
tRNA分子的反密碼環(huán)上的三聯(lián)體核苷酸殘基序列。在翻譯期間，反密碼與mRNA中的互補密碼結合。
簡并密碼子(degenerate codon)：
也稱之同義密碼子（synonymous codon)。是指編碼相同氨基酸的幾個不同的密碼子。
氨基酸臂（amino arm):也稱之接納莖（acceptor stem)。tRNA分子中靠近3ˊ端的核苷酸序列和5ˊ端的序列堿基配對，形成的可接收氨基酸的臂（莖)。
TψC臂（TψC arm)：tRNA中含有胸腺嘧啶核苷酸-假尿嘧啶核苷酸-胞嘧啶核苷酸殘基序列的莖環(huán)結構。
氨酰-tRNA（aminoacyl-tRNA)：在氨基酸臂的3ˊ端的腺苷酸殘基共價連接了氨基酸的tRNA分子。
同工tRNA（isoacceptor tRNA)：結合相同氨基酸的不同的tRNA分子。
擺動(wobble) ：
處于密碼子3ˊ端的堿基和與之互補的反密碼的5ˊ端的堿基之間的堿基配對有一定的寬容性，即處于反密碼的5ˊ端的堿基（也稱之擺動位置)，例如I可以與密碼子上3ˊ端的U、C和A配對。由于存在擺動現(xiàn)象所以使得一個tRNA反密碼子可以和一個以上的mRNA密碼子結合。
氨酰-tRNA合成酶（aminoacyl-tRNA synthetase)：
催化特定氨基酸激活并共價結合在相應的tRNA分子3ˊ端的酶。
翻譯起始復合體（translation initiation complex)：由核糖體亞基、一個mRNA模板、一個起始的tRNA分子和起始因子組成并組裝在蛋白質合成起始點的復合體。
讀碼框( reading frame)：代表一個氨基酸序列的mRNA分子的非重疊密碼序列。一個mRNA的讀碼框是由轉錄起始位置（通常是AUG密碼)確定的。
SD序列（Shine-Dalgarno sequence)：mRNA中用于結合原核生物核糖體的序列。
肽酰轉移酶（peptidyl transferase)：蛋白質合成期間負責轉移肽酰基和催化肽鍵形成的酶。
嘌呤霉素（puromycin)：通過整合到生長著的肽鏈，引起肽鏈合成提前終止來抑制多肽鏈合成的一種抗生素。
開放讀碼框(open reading frame)：DNA 或RNA序列中一段不含終止密碼的連續(xù)的非重疊核苷酸密碼。
信號肽（signal peptide):常指新合成多肽鏈中用于指導蛋白質跨膜轉移（定位)的N-末端的氨基酸序列（有時不一定在N端)。
轉錄因子（transcription factor)：
在轉錄起始復合體的組裝過程中，與啟動子區(qū)結合并與RNA聚合酶相互作用的一種蛋白質。某些轉錄因子在RNA延伸時一直維持著結合狀態(tài)。
操縱子（operons):是由一個或多個相關基因以及調(diào)控它們轉錄的操縱基因和啟動子序列組成的基因表達單位。
操縱基因（operator)：與特定阻遏蛋白相互作用調(diào)控一個基因或一組基因表達的DNA區(qū)。
結構基因（structural gene)：編碼一個蛋白質或一個RNA的基因。
轉錄激活劑（transcriptional activator)：通過增加RNA聚合酶的活性來加快轉錄速度的一種調(diào)節(jié)DNA結合蛋白。
阻遏物（repressor)：與一個基因的調(diào)控序列或操縱基因結合以阻止該基因轉錄的一類蛋白質。
衰減作用（attenuation)：一種翻譯調(diào)控機制。在該機制中，核糖體沿著mRNA分子的移動的速率決定轉錄是進行還是終止。
亮氨酸拉鏈（leucine zipper):
出現(xiàn)在DNA結合蛋白質和其它蛋白質中的一種結構基元（motif)。當來自同一個或不同多肽鏈的兩個兩性的α-螺旋的疏水面（常常含有亮氨酸殘基)相互作用形成一個圈對圈的二聚體結構時就形成了亮氨酸拉鏈。
鋅指（zinc finger)：也是一種常出現(xiàn)在DNA結合蛋白質中的一種結構基元。是由一個含有大約30個氨基酸殘基的環(huán)和一個與環(huán)上的4個Cys或2個Cys和2個His配位的Zn2＋構成，形成的結構象個手指狀。
