三、生物素-補(bǔ)骨脂素(Biotin -psoralen)標(biāo)記法
生物素-補(bǔ)骨脂素是另一種生物素光敏物質(zhì),在長(zhǎng)波長(zhǎng)紫外線照射下與嘧啶堿基發(fā)生光化學(xué)反應(yīng),加成到DNA中,去除小分子后,得到生物素標(biāo)記核酸探針。此法可標(biāo)記單鏈或雙鏈DNA或RNA,及寡核苷酸。靈敏度與放射性探針相當(dāng)。標(biāo)記方法:取DNA或片段0.5μg加50μlTE(pH8.0)緩沖液中,再加入5μlg生物素-補(bǔ)骨脂素,溶解后,置365nm紫外光下直接照射20min,距離5cm,加等體積TE,移入用TE平衡的Sephadex G—50 柱(高1.0cm),離心法過柱,收集液體即為Bio –DNA探針。
四、生物素-α-氨基乙酸-N-羥基琥珀標(biāo)記化學(xué)修飾的DNA法
此法是在亞硫酸鹽催化下,生物素酰肼可置換寡核苷酸探針中胞嘧啶上的氨基,使生物素結(jié)合到DNA分子上而制成生物素化DNA探針。此法優(yōu)點(diǎn)是采用通用試劑和技術(shù),檢出敏感。Vicied 等人指出DNA和RNA中胞嘧啶N-4位置在亞硫酸氫鹽存在下可用乙二胺連接臂修飾,此過程也可能介導(dǎo)C-6位的磺酸鹽組分。在合適的條件下,可有3%~4%的堿基被修飾。新鮮配制亞硫酸氫鈉-乙二胺混合液,兩者混合液含量分別為1mol/L和3mol/l (pH6.0),加入對(duì)苯二酚,使終濃度為1mg/ml。將DNA用超聲打成500~800bp長(zhǎng)度的片段,煮沸法變性,取1份DNA與9份上述混合液混合,42℃水浴3.5h。用5mmol/L磷酸鈉緩沖液(pH8.5)在40℃下充分透析,濃縮DNA,再溶于200μl 0.1mol/L磷酸鈉緩沖液(pH8.5),再加入4mmol/L生物素-ε-氨基乙酸-N-羥基琥珀酰亞胺脂,室溫反應(yīng)2h,用含150mmol/l NaCl、1mmol/l EDTA的10mmol/L磷酸鈉緩沖液(pH7.0)在40℃下充分透析,純化,-20℃保存。醫(yī)學(xué)全在線www.med126.com
五、缺口平移法標(biāo)記生物素DNA探針(二步法)
取HBV質(zhì)粒DNA0.5μg,DNase I(SABC)2pg, 10×NBTμl,三蒸水補(bǔ)足體積至10μl,37℃,15min;加5mmol/l dATP dGTP dCTP Bio –11- dUTP各2μl,10×NBt 4μl,三蒸水補(bǔ)足體積至10μl,37℃,15min;三蒸水補(bǔ)足體積至49μl,DNA聚合酶i 5u,混勻,14℃過夜,加0.5mmol/l ED-TA(Ph8.0)1μl終止反應(yīng)。
已標(biāo)記探針的提純:10mg/ml tRNA 2μl,10mmol/L Tris –HCl (pH7.5) 150μl,2.5倍體積的95%乙醇,置液氮中15min或-20℃過夜。15000r/min,離心10min,真空干燥后,溶于適量三蒸水中,即為純化的探針,-20℃?zhèn)溆谩?/P>
使用閉環(huán)或線性雙鏈質(zhì)粒DNA,或分離的雙鏈DNA片段均可進(jìn)行此法標(biāo)記,全質(zhì)粒標(biāo)記敏感性較高,因?yàn)闃?biāo)記物可同時(shí)摻入載體DNA。
此法也可用于放射性同位素和地辛標(biāo)記DNA法。
六、生物素隨機(jī)引物標(biāo)記探針方法
以HBV DNA為例。取HBv DNA質(zhì)粒0.5μg,隨機(jī)引物(Pharmacia)2μg,用TE(pH8.0)補(bǔ)足體積至10μl;100℃,熱變性5min,驟冷10min。加10×緩沖液(500mmol/l Tris –HCl (Ph6.6),100mmol/L MgCl2, 10mmol/L β巰基乙醇),BSa 500μg/ml 5μl,5mmol/l dATP/dGTP dCTP各1μl,按不同比例加入Bio –11-Dutp,和dTTP,用三蒸水補(bǔ)足體積至48μl,加DNA聚合酶(SABC)8u,混勻,37℃,2h,加0.5mol/l EDTA(Ph8.0)2μl,終止反應(yīng)。
在隨機(jī)引物標(biāo)記體系中,加入不同梯度濃度比值的Bio-11-dUTP/dTTP(%),發(fā)現(xiàn)二者比值明顯影響探針標(biāo)記率和顯色靈敏度。Bio-11-Dutp/dTTP(%)比值為35%時(shí),其標(biāo)記率最高,顯色靈敏度達(dá)0.2pg,雜交靈敏度為1~2pg。二步法缺口平移標(biāo)記HBv DNA探針,其靈敏度低于隨機(jī)引物標(biāo)記。Mackeg等(Focus,1992;14:21)證實(shí)了用隨機(jī)引物標(biāo)記探針具有放大的效應(yīng)。隨機(jī)引物中加入一定比例的dTTP,能增加HBv DNA探針的標(biāo)記率和靈敏度。其靈敏度接近同位素標(biāo)記探針的靈敏度。
七、異羥基洋地黃毒甙(Digoxigenin)標(biāo)記核酸探針
1988年德國Boehringer Manheims公司推出了一種地高辛標(biāo)記DNA檢測(cè)試劑盒。先將地高辛甙元通過一手臂聯(lián)接至dUTP上,用隨機(jī)引物法標(biāo)記DNA制成探針。平均每20~25個(gè)核苷酸中標(biāo)記一個(gè)地高辛甙元,然后用抗地高辛抗體的Fab片段與堿性磷酸酶的復(fù)合物和NBt – BCIP底物顯色檢測(cè),靈敏度達(dá)0.1pg DNA,因此可做1μg哺乳動(dòng)物DNA中單拷貝基因分析。此種探針有高度的靈敏性和特異性,安全穩(wěn)定,操作簡(jiǎn)便,可避免內(nèi)源性干擾,是一種很有推廣價(jià)值的非放射性標(biāo)記探針。
標(biāo)記方法步驟:(1)取一小離心管(0.5ml)插入冰浴中,加入待標(biāo)記DNa 1μg/5μl,95℃變性10min,迅速移入鹽冰中3min。加入六核苷酸引物2μl,Dig-dNTP標(biāo)記物2μl和消毒雙蒸水10μl、大腸桿菌DNA聚合酶i Klenow片段1μl(單位)。(2)短時(shí)離心,37℃孵育至少60min(20h以內(nèi))。(3)加入2μl 0.2mol/L EDTA溶液中止反應(yīng)。再加入2.5μl 4mol/L LiCl和75μl預(yù)冷的乙醇(-20℃),放入-70℃至少30min或-20℃過夜。(4)離心(12000g)10min,棄上清,再加入70%乙醇(冷)40μl洗一次,離心,抽干,再溶于50μl TE溶液(pH8.0)中,分裝,-20℃存放備用。