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復(fù)旦大學(xué)生物化學(xué)筆記完整版

 第一篇 生物大分子的結(jié)構(gòu)與功能         第一章 氨基酸和蛋白質(zhì)  一、組成蛋白質(zhì)的20種氨基酸的分類 。、非極性氨基酸  包括:甘氨酸、丙氨酸、纈氨酸、亮氨酸、異亮氨酸、苯丙氨酸、脯氨酸 。、極性氨基酸  極性中性氨基酸:色氨酸、酪氨酸、絲氨酸、半胱氨酸、蛋氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、蘇氨酸 



  四、酶活性的調(diào)節(jié)
  1、酶原的激活 
  有些酶在細(xì)胞內(nèi)合成或初分泌時(shí)只是酶的無活性前體,必須在一定條件下,這些酶的前體水解一個(gè)或幾個(gè)特定的肽鍵,致使構(gòu)象發(fā)生改變,表現(xiàn)出酶的活性。酶原的激活實(shí)際上是酶的活性中心形成或暴露的過程。生理意義是避免細(xì)胞產(chǎn)生的蛋白酶對(duì)細(xì)胞進(jìn)行自身消化,并使酶在特定的部位環(huán)境中發(fā)揮作用,保證體內(nèi)代謝正常進(jìn)行。
  2、變構(gòu)酶
  體內(nèi)一些代謝物可以與某些酶分子活性中心外的某一部位可逆地結(jié)合,使酶發(fā)生變構(gòu)并改變其催化活性,有變構(gòu)激活與變構(gòu)抑制。
  3、酶的共價(jià)修飾調(diào)節(jié)
  酶蛋白肽鏈上的一些基團(tuán)可與某種化學(xué)基團(tuán)發(fā)生可逆的共價(jià)結(jié)合,從而改變酶的活性,這一過程稱為酶的共價(jià)修飾。在共價(jià)修飾過程中,酶發(fā)生無活性與有活性兩種形式的互變。酶的共價(jià)修飾包括磷酸化與脫磷酸化、乙酰化與脫乙;、甲基化與脫甲基化、腺苷化與脫腺苷化等,其中以磷酸化修飾最為常見。

  五、同工酶
  同工酶是指催化相同的化學(xué)反應(yīng),而酶蛋白的分子結(jié)構(gòu)、理化性質(zhì)乃至免疫學(xué)性質(zhì)不同的一組酶。同工酶是由不同基因或等位基因編碼的多肽鏈,或由同一基因轉(zhuǎn)錄生成的不同mRNA翻譯的不同多肽鏈組成的蛋白質(zhì)。翻譯后經(jīng)修飾生成的多分子形式不在同工酶之列。同工酶存在于同一種屬或同一個(gè)體的不同組織或同一細(xì)胞的不同亞細(xì)胞結(jié)構(gòu)中。
  如乳酸脫氫酶是四聚體酶。亞基有兩型:骨骼肌型(M型)和心肌型(H型)。兩型亞基以不同比例組成五種同工酶,如LDH1(HHHH)、LDH2(HHHM)等。它們具有不同的電泳速度,對(duì)同一底物表現(xiàn)不同的Km值。單個(gè)亞基無酶的催化活性。心肌、腎以LDH1為主,肝、骨骼肌以LDH5為主。
  肌酸激酶是二聚體,亞基有M型(肌型)和B型(腦型)兩種。腦中含CK1(BB型);骨骼肌中含CK3(MM型);CK2(MB型)僅見于心肌。


               第四章  維生素

  一、脂溶性維生素
  1、維生素A
  作用:與眼視覺有關(guān),合成視紫紅質(zhì)的原料;維持上皮組織結(jié)構(gòu)完整;促進(jìn)生長發(fā)育。
  缺乏可引起夜癥、干眼病等。
 。病⒕S生素D
  作用:調(diào)節(jié)鈣磷代謝,促進(jìn)鈣磷吸收。
  缺乏兒童引起佝僂病,成人引起軟骨病。
 。场維生素E
  作用:體內(nèi)最重要的抗氧化劑,保護(hù)生物膜的結(jié)構(gòu)與功能;促進(jìn)血紅素代謝;動(dòng)物實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)與性器官的成熟與胚胎發(fā)育有關(guān)。
 。础維生素K
  作用:與肝臟合成凝血因子Ⅱ、、、Ⅹ有關(guān)。
  缺乏時(shí)可引起凝血時(shí)間延長,血塊回縮不良。
 
  二、水溶性維生素
 。、維生素B1
  又名硫胺素,體內(nèi)的活性型為焦磷酸硫胺素(TPP)
  TPP是α-酮酸氧化脫羧酶和轉(zhuǎn)酮醇酶的輔酶,并可抑制膽堿酯酶的活性,缺乏時(shí)可引起腳氣病和(或)末梢神經(jīng)炎。
 。、維生素B2
  又名核黃素,體內(nèi)的活性型為黃素單核苷酸(FMN)和黃素腺嘌呤二核苷酸(FAD)
  FMN和FAD是體內(nèi)氧化還原酶的輔基,缺乏時(shí)可引起口角炎、唇炎、陰囊炎、眼瞼炎等癥。
  3、維生素PP
  包括尼克酸及尼克酰胺,肝內(nèi)能將色氨酸轉(zhuǎn)變成維生素PP,體內(nèi)的活性型包括尼克酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD+)和尼克酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸(NADP+)。
  NAD+和NADP+在體內(nèi)是多種不需氧脫氫酶的輔酶,缺乏時(shí)稱為癩皮癥,主要表現(xiàn)為皮炎、腹瀉癡呆。
  4、維生素B6
  包括吡哆醇、吡哆醛及吡哆胺,體內(nèi)活性型為磷酸吡哆醛和磷酸吡哆胺。
  磷酸吡哆醛是氨基酸代謝中的轉(zhuǎn)氨酶及脫羧酶的輔酶,也是δ-氨基γ-酮戊酸(ALA)合成酶的輔酶。
 。怠⒎核帷
  又稱遍多酸,在體內(nèi)的活性型為輔酶A及;d體蛋白(ACP)。
  在體內(nèi)輔酶A及酰基載體蛋白(ACP)構(gòu)成;D(zhuǎn)移酶的輔酶。
 。、生物素
  生物素是體內(nèi)多種羧化酶的輔酶,如丙酮酸羧化酶,參與二氧化碳的羧化過程。
 。贰⑷~酸
  以四氫葉酸的形式參與一碳基團(tuán)的轉(zhuǎn)移,一碳單位在體內(nèi)參加多種物質(zhì)的合成,如嘌呤、胸腺嘧啶核苷酸等。葉酸缺乏時(shí),DNA合成受抑制,骨髓幼紅細(xì)胞DNA合成減少,造成巨幼紅細(xì)胞貧血。
 。、維生素B12
  又名鈷胺素,唯一含金屬元素的維生素。
  參與同型半工半胱氨酸甲基化生成蛋氨酸的反應(yīng),催化這一反應(yīng)的蛋氨酸合成酶(又稱甲基轉(zhuǎn)移酶)的輔基是維生素B12,它參與甲基的轉(zhuǎn)移。一方面不利于蛋氨酸的生成,同時(shí)也影響四氫葉酸的再生,最終影響嘌呤、嘧啶的合成,而導(dǎo)致核酸合成障礙,產(chǎn)生巨幼紅細(xì)胞性貧血。
 。、維生素C
  促進(jìn)膠原蛋白的合成;是催化膽固醇轉(zhuǎn)變成7-α羥膽固醇反應(yīng)的7-α羥化酶的輔酶;參與芳香族氨基酸的代謝;增加鐵的吸收;參與體內(nèi)氧化還原反應(yīng),保護(hù)巰基等作用。
  


        第二篇   物質(zhì)代謝及其調(diào)節(jié)
          
            第一章  糖代謝
 
  一、糖酵解
 。、過程:
    見圖1-1
  糖酵解過程中包含兩個(gè)底物水平磷酸化:一為1,3-二磷酸甘油酸轉(zhuǎn)變?yōu)?-磷酸甘油酸;二為磷酸烯醇式丙酮酸轉(zhuǎn)變?yōu)楸帷?BR> 。、調(diào)節(jié)
  1)6-磷酸果糖激酶-1
  變構(gòu)抑制劑:ATP、檸檬
  變構(gòu)激活劑:AMP、ADP、1,6-雙磷酸果糖(產(chǎn)物反饋激,比較少見)和2,6-雙磷酸果糖(最強(qiáng)的激活劑)。
 。)丙酮酸激酶
變構(gòu)抑制劑:ATP 、肝內(nèi)的丙氨酸
變構(gòu)激活劑:1,6-雙磷酸果糖
 。)葡萄糖激酶
  變構(gòu)抑制劑:長鏈脂酰輔酶A
  注:此項(xiàng)無需死記硬背,理解基礎(chǔ)上記憶是很容易的,如知道糖酵解是產(chǎn)生能量的,那么有ATP等能量形式存在,則可抑制該反應(yīng),以利節(jié)能,上述的檸檬酸經(jīng)三羧酸循環(huán)也是可以產(chǎn)生能量的,因此也起抑制作用;產(chǎn)物一般來說是反饋抑制的;但也有特殊,如上述的1,6-雙磷酸果糖。特殊的需要記憶,只屬少數(shù)。以下類同。關(guān)于共價(jià)修飾的調(diào)節(jié),只需記住幾個(gè)特殊的即可,下面章節(jié)提及。

(1)糖原       1-磷酸葡萄糖
               
(2)葡萄糖 己糖激酶 6-磷酸葡萄糖  6-磷酸果糖6-磷酸果糖-1-激酶 
     ATP ADP               ATP   ADP
            磷酸二羥丙酮         
 1,6-二磷酸果糖              
3-磷酸甘油醛 1,3-二磷酸甘油酸
                     NAD+  NADH+H+
3-磷酸甘油酸 2-磷酸甘油酸 磷酸烯醇式丙酮酸 丙酮酸激酶
ADP  ATP                            ADP  ATP
丙酮酸 乳酸
   NADH+H+  NAD+
注:紅色表示該酶為該反應(yīng)的限速酶;藍(lán)色ATP表示消耗,紅色ATP和NADH等表示生成的能量或可以轉(zhuǎn)變?yōu)槟芰康奈镔|(zhì)。以下類同。
             。▓D1-1)          
 
 。、生理意義
 。)迅速提供能量,尤其對(duì)肌肉收縮更為重要。若反應(yīng)按(1)進(jìn)行,可凈生成3分子ATP,若反應(yīng)按(2)進(jìn)行,可凈生成2分子ATP;另外,酵解過程中生成的2個(gè)NADH在有氧條件下經(jīng)電子傳遞鏈,發(fā)生氧化磷酸化,可生成更多的ATP,但在缺氧條件下丙酮酸轉(zhuǎn)化為乳酸將消耗NADH,無NADH凈生成。
 。)成熟紅細(xì)胞完全依賴糖酵解供能,神經(jīng)、白細(xì)胞、骨髓等代謝極為活躍,即使不缺氧也常由糖酵解提供部分能量。
  3)紅細(xì)胞內(nèi)1,3-二磷酸甘油酸轉(zhuǎn)變成的2,3-二磷酸甘油酸可與血紅蛋白結(jié)合,使氧氣與血紅蛋白結(jié)合力下降,釋放氧氣。
 。)肌肉中產(chǎn)生的乳酸、丙氨酸(由丙酮酸轉(zhuǎn)變)在肝臟中能作為糖異生的原料,生成葡萄糖。
4、乳酸循環(huán)

葡萄糖 葡萄糖     葡萄糖
  糖               糖
  異               酵
  生               解
  途               途
徑               徑 
丙酮酸             丙酮酸

 乳酸     乳酸      乳酸 
(肝) (血液) (肌肉)
  乳酸循環(huán)是由于肝內(nèi)糖異生活躍,又有葡萄糖-6-磷酸酶可水解6-磷酸葡萄糖,釋出葡萄糖。肌肉除糖異生活性低外,又沒有葡萄糖-6-磷酸酶。
  生理意義:避免損失乳酸以及防止因乳酸堆積引起酸中毒。

  二、糖有氧氧化
 。薄⑦^程
1)、經(jīng)糖酵解過程生成丙酮酸
2)、丙酮酸 丙酮酸脫氫酶復(fù)合體 乙酰輔酶A
NAD+ NADH+H+
  限速酶的輔酶有:TPP﹑FAD﹑NAD+﹑CoA及硫辛酸
3)、三羧酸循環(huán)
  草酰乙酸+乙酰輔酶A 檸檬酸合成酶 檸檬酸  異檸檬酸 異檸檬酸脫氫酶 
                             NAD+ NADH+H+
α-酮戊二酸 α-酮戊二酸脫氫酶復(fù)合體 琥珀酸酰CoA 琥珀酸
       NAD+ NADH+H+            GDP  GTP

       延胡索酸  蘋果酸         草酰乙酸
 FAD FADH2          NAD+ NADH+H+

三羧酸循環(huán)中限速酶α-酮戊二酸脫氫酶復(fù)合體的輔酶與丙酮酸脫氫酶復(fù)合體的輔酶同。
三羧酸循環(huán)中有一個(gè)底物水平磷酸化,即琥珀酰COA轉(zhuǎn)變成琥珀酸,生成GTP;加上糖酵解過程中的兩個(gè),本書中共三個(gè)底物水平磷酸化。
 。病⒄{(diào)節(jié)
 。)丙酮酸脫氫酶復(fù)合體
  抑制:乙酰輔酶A、NADH、ATP
  激活:AMP、鈣離子
  2)異檸檬酸脫氫酶和α-酮戊二酸脫氫酶
  NADH、ATP反饋抑制
  3、生理意義
  1)基本生理功能是氧化供能。
 。)三羧酸循環(huán)是體內(nèi)糖、脂肪和蛋白質(zhì)三大營養(yǎng)物質(zhì)代謝的最終共同途徑。
 。)三羧酸循環(huán)也是三大代謝聯(lián)系的樞紐。
4、有氧氧化生成的ATP
       葡萄糖有氧氧化生成的ATP
反   應(yīng) 輔酶 ATP
第一階段 葡萄糖 6-磷酸葡萄糖 -1
6-磷酸果糖 1,6雙磷酸果糖 -1
2*3-磷酸甘油醛 2*1,3-二磷酸甘油酸 NAD+ 2*3或2*2(詳見)
2*1,3-二磷酸甘油酸 2*3-磷酸甘油酸 2*1
2*磷酸烯醇式丙酮酸 2*丙酮酸 2*1
第二階段 2*丙酮酸 2*乙酰CoA NAD+ 2*3
第三階段 2*異檸檬酸 2*α-酮戊二酸 NAD+ 2*3
2*α-酮戊二酸 2*琥珀酰CoA NAD+ 2*3
2*琥珀酰CoA 2*琥珀酸 2*1
2*琥珀酸 2*延胡索酸 FAD 2*2
2*蘋果酸 2*草酰乙酸 NAD+ 2*3
凈生成   38或36個(gè)ATP
 。怠退沟滦(yīng)
  有氧氧化抑制糖酵解的現(xiàn)象。
 
  三、磷酸戊糖途徑
1、 過程
             6-磷酸葡萄糖
            NADP+ 
                 6-磷酸葡萄糖脫氫酶
NADPH
             6-磷酸葡萄糖酸內(nèi)酯

             6-磷酸葡萄糖酸
            NADP+

            NADPH
             5-磷酸核酮糖


             5-磷酸核糖    5-磷酸木酮糖
             
             7-磷酸景天糖   3-磷酸甘油醛

   5-磷酸木酮糖    4-磷酸赤蘚糖   6-磷酸果糖

   3-磷酸甘油醛    6-磷酸果糖

   6-磷酸果糖
  
2、生理意義
 。)為核酸的生物合成提供5-磷酸核糖,肌組織內(nèi)缺乏6-磷酸葡萄糖脫氫酶,磷酸核糖可經(jīng)酵解途徑的中間產(chǎn)物3- 磷酸甘油醛和6-磷酸果糖經(jīng)基團(tuán)轉(zhuǎn)移反應(yīng)生成。
 。)提供NADPH
  a.NADPH是供氫體,參加各種生物合成反應(yīng),如從乙酰輔酶A合成脂酸、膽固醇;α-酮戊二酸與NADPH及氨生成谷氨酸,谷氨酸可與其他α-酮酸進(jìn)行轉(zhuǎn)氨基反應(yīng)而生成相應(yīng)的氨基酸。
  b.NADPH是谷胱甘肽還原酶的輔酶,對(duì)維持細(xì)胞中還原型谷胱甘肽的正常含量進(jìn)而保護(hù)巰基酶的活性及維持紅細(xì)胞膜完整性很重要,并可保持血紅蛋白鐵于二價(jià)。
  c.NADPH參與體內(nèi)羥化反應(yīng),有些羥化反應(yīng)與生物合成有關(guān),如從膽固醇合成膽汁酸、類固醇激素等;有些羥化反應(yīng)則與生物轉(zhuǎn)化有關(guān)。
  
  四、糖原合成與分解
  1、合成
過程:
葡萄糖  6-磷酸葡萄糖  1-磷酸葡萄糖 UDPG焦磷酸化酶 尿苷二磷酸葡萄糖 
                    UTP  PPi     (UDPG)
糖原合成酶 (G)n+1+UDP
 (G)n
  注:1)UDPG可看作是活性葡萄糖,在體內(nèi)充作葡萄糖供體。
   。)糖原引物是指原有的細(xì)胞內(nèi)較小的糖原分子,游離葡萄糖不能作為UDPG的葡萄糖基的接受體。
   。)葡萄糖基轉(zhuǎn)移給糖原引物的糖鏈末端,形成α-1,4糖苷鍵。在糖原合酶作用下,糖鏈只能延長,不能形成分支。當(dāng)糖鏈長度達(dá)到12~18個(gè)葡萄糖基時(shí),分支酶將約6~7個(gè)葡萄糖基轉(zhuǎn)移至鄰近的糖鏈上,以α-1,6糖苷鍵相接。
  調(diào)節(jié):糖原合成酶的共價(jià)修飾調(diào)節(jié)。
 。、分解
過程:
(G)n+1磷酸化酶 (G)n+1-磷酸葡萄糖  6-磷酸葡萄糖 葡萄糖-6-磷酸酶 G+Pi
  
注:1)磷酸化酶只能分解α-1,4糖苷鍵,對(duì)α-1,6糖苷鍵無作用。
   。)糖鏈分解至離分支處約4個(gè)葡萄基時(shí),轉(zhuǎn)移酶把3個(gè)葡萄基轉(zhuǎn)移至鄰近糖鏈的末端,仍以α-1,4糖苷鍵相接,剩下1個(gè)以α-1,6糖苷鍵與糖鏈形成分支的葡萄糖基被α-1,6葡萄糖苷酶水解成游離葡萄糖。轉(zhuǎn)移酶與α-1,6葡萄糖苷酶是同一酶的兩種活性,合稱脫支酶。
    3)最終產(chǎn)物中約85%為1-磷酸葡萄糖,其余為游離葡萄糖。
  調(diào)節(jié):磷酸化酶受共價(jià)修飾調(diào)節(jié),葡萄糖起變構(gòu)抑制作用。

五、糖異生途徑                                          
1、 過程
乳酸           丙氨酸等生糖氨基酸
      NADH
         丙酮酸           丙酮酸

      ATP  丙酮酸           丙酮酸
           丙酮酸羧化酶              
         草酰乙酸          草酰乙酸 (線粒體內(nèi))

         天冬氨酸          蘋果酸

      GTP 天冬氨酸           
         NADH
         草酰乙酸          蘋果酸
           磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶
         磷酸烯醇式丙酮酸

         2-磷酸甘油酸                 (胞液)

       ATP 3-磷酸甘油酸

     NADH 1,3-二磷酸甘油酸              甘油 ATP       

         3-磷酸甘油醛   磷酸二羥丙酮      3-磷酸甘油
NADH
             1,6-雙磷酸果糖
                  果糖雙磷酸酶
             6-磷酸果糖
  
             6-磷酸葡萄糖      1-磷酸葡萄糖  糖原
                  葡萄糖-6-磷酸酶
              葡萄糖 
注意:1)糖異生過程中丙酮酸不能直接轉(zhuǎn)變?yōu)榱姿嵯┐际奖幔杞?jīng)過草酰乙酸的中間步驟,由于草酰乙酸羧化酶僅存在于線粒體內(nèi),故胞液中的丙酮酸必須進(jìn)入線粒體,才能羧化生成草酰乙酸。但是,草酰乙酸不能直接透過線粒體膜,需借助兩種方式將其轉(zhuǎn)運(yùn)入胞液:一是經(jīng)蘋果酸途徑,多數(shù)為以丙酮酸或生糖氨基酸為原料異生成糖時(shí);另一種是經(jīng)天冬氨酸途徑,多數(shù)為乳酸為原料異生成糖時(shí)。
2)在糖異生過程中,1,3-二磷酸甘油酸還原成3-磷酸甘油醛時(shí),需NADH,當(dāng)以乳酸為原料異生成糖時(shí),其脫氫生成丙酮酸時(shí)已在胞液中產(chǎn)生了NADH以供利用;而以生糖氨基酸為原料進(jìn)行糖異生時(shí),NADH則必須由線粒體內(nèi)提供,可來自脂酸β-氧化或三羧酸循環(huán)。
3)甘油異生成糖耗一個(gè)ATP,同時(shí)也生成一個(gè)NADH
2、 調(diào)節(jié)
2,6-雙磷酸果糖的水平是肝內(nèi)調(diào)節(jié)糖的分解或糖異生反應(yīng)方向的主要信號(hào),糖酵解加強(qiáng),則糖異生減弱;反之亦然。
3、 生理意義
1)空腹或饑餓時(shí)依賴氨基酸、甘油等異生成糖,以維持血糖水平恒定。
2)補(bǔ)充肝糖原,攝入的相當(dāng)一部分葡萄糖先分解成丙酮酸、乳酸等三碳化合物,后者再異生成糖原。合成糖原的這條途徑稱三碳途徑。
3)調(diào)節(jié)酸堿平衡,長期饑餓進(jìn),腎糖異生增強(qiáng),有利于維持酸堿平衡。

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