一、病原體不同
口蹄疫的病原體為口蹄疫病毒，屬于人畜共患病原體。手足口病是由數(shù)種腸道病毒感染所致。
二、發(fā)病人群不同
人患口蹄疫決定于與病畜的接觸，發(fā)病人群的年齡廣泛，但由于易感性很低，發(fā)病機會很少。兒童和老年人一旦患病癥狀較重。醫(yī)學(xué)全在線,搜集整,理gydjdsj.org.cn手足口病主要是幼兒傳染病，3歲以下患兒占絕大多數(shù)不清，很少超過5歲以上者。
三、傳染源不同
口蹄疫病毒只引起偶蹄類（兩半蹄子)動物牛、羊、豬、鹿、駱駝等發(fā)生口蹄疫，成為人患口蹄疫的傳染源。只有先出現(xiàn)獸疫，才有可能使人患病。手足口病的傳染源是患者和腸道攜帶病毒的人，屬于人類疾病。
四、傳播途徑不同
口蹄疫是通過接觸病畜口腔、蹄冠部的潰瘍爛斑，經(jīng)皮膚粘膜感染的；偶而也有食用了被病毒傳染而又未加熱（巴氏消毒)的奶感染的。因此，人患口蹄疫是極為散在發(fā)生的。手足口病是由于接觸病人，通過日常生活用品、食具、玩具的污染經(jīng)口感染的，也可通過呼吸道傳播。因此，可出現(xiàn)不同規(guī)模的流行。
五、癥狀體片不同
口蹄疫、手足口病雖患病部位在口腔、手指間、足趾端有相似之處，但癥狀體征各有不同�？谔阋咂鸩『笾饕憩F(xiàn)為全身中毒癥狀和局部皰疹損害兩大特征。出現(xiàn)發(fā)熱、頭痛、全身不適，1～2天后在口腔粘膜、舌邊、手指間、足趾端發(fā)生水皰，再1～2天水泡破潰，形成爛斑，繼發(fā)感染成膿皰，然后結(jié)痂、脫落，一般不留瘢痕。病程1～2周，大多預(yù)后良好，嚴重病例可并發(fā)心肌炎。手足口病大多無發(fā)熱或低熱，但有呼吸道感染癥狀。先在口腔粘臘出現(xiàn)皰疹，分布和頰粘膜、齒齦、舌邊，并破潰成潰瘍。隨即在手指、足部、臀部、膝部出現(xiàn)丘疹，第二天只有少部分丘疹形成皰疹，如綠豆、赤小豆大，單個性不融合，內(nèi)含透明液體，終不破潰，3～5天自行吸收收縮。gydjdsj.org.cn全身癥狀輕，病程約一周，預(yù)后良好。
六、診斷依據(jù)不同
口蹄疫需先有當(dāng)?shù)厣罂谔阋甙l(fā)生或流行，并有與病畜接觸機會，或飲用病畜污染而未加熱的奶等感染關(guān)系。潛伏期2～18至3～8天常見；發(fā)病具有全身中毒癥狀及局部皰疹、潰瘍損害兩大特征。需與皰疹性咽峽炎、單純皰疹等相鑒別。