我校是全國首批具有碩士學(xué)位授予權(quán)單位之一。1978年開始招收攻讀碩士學(xué)位研究生，1998年被增列為博士學(xué)位授予權(quán)單位，1994年開始招收港澳臺研究生，1998年被批準(zhǔn)為開展同等學(xué)力申請碩士學(xué)位工作試點單位，2000年被批準(zhǔn)為開展臨床醫(yī)學(xué)（中醫(yī)、中西醫(yī)結(jié)合)碩士專業(yè)學(xué)位工作試點單位，2003年被批準(zhǔn)為高校教師在職申請碩士學(xué)位培養(yǎng)單位，同年獲準(zhǔn)設(shè)立中醫(yī)學(xué)博士后流動站。我校擁有中醫(yī)內(nèi)科學(xué)、中醫(yī)臨床基礎(chǔ)、中藥學(xué)、中西醫(yī)結(jié)合臨床等4個博士學(xué)位點和中醫(yī)基礎(chǔ)理論、中醫(yī)臨床基礎(chǔ)、中醫(yī)診斷學(xué)、中醫(yī)方劑學(xué)、中醫(yī)醫(yī)史文獻學(xué)、中醫(yī)內(nèi)科學(xué)、中醫(yī)婦科學(xué)、中醫(yī)兒科學(xué)、中醫(yī)五官科學(xué)、中醫(yī)骨傷科學(xué)、針灸推拿學(xué)、中醫(yī)外科學(xué)、中西醫(yī)結(jié)合基礎(chǔ)、中西醫(yī)結(jié)合臨床、內(nèi)科學(xué)、中藥學(xué)、藥理學(xué)、生藥學(xué)等18個碩士學(xué)位點。我校共有博士研究生指導(dǎo)教師21名，碩士研究生指導(dǎo)教師150名；我校目前在校全日制研究生培養(yǎng)規(guī)模已達346人（不含七年制)，其中博士生43人、碩士生303人。另有以同等學(xué)力申請碩士學(xué)位課程進修班學(xué)員311人。我校已培養(yǎng)畢業(yè)博士研究生8人，畢業(yè)碩士研究生317人。
我校經(jīng)過遷址重建后，辦學(xué)條件躍居全國中醫(yī)藥院校的前列。現(xiàn)有分子醫(yī)學(xué)研究所、針灸推拿研究所、耳聾康復(fù)研究所、浙江省中醫(yī)骨傷研究所、中醫(yī)臨床基礎(chǔ)研究所、中醫(yī)心腦血管病研究所、針灸推拿研究所等7個研究所，1個中心測試室，1個動物實驗研究中心，免疫實驗室、脂代謝實驗室、血液細胞分子生物學(xué)實驗室為國家中醫(yī)藥管理局中醫(yī)藥科研三級實驗室，中藥新產(chǎn)品制劑、中醫(yī)心腦血管病、中醫(yī)血液病、中醫(yī)脾胃病、實驗針灸學(xué)等5個省中醫(yī)藥重點實驗室，動物實驗研究中心為浙江省動物實驗研究基地。目前具有中醫(yī)臨床基礎(chǔ)和中醫(yī)內(nèi)科消化學(xué)科兩個國家中醫(yī)藥管理局重點建設(shè)學(xué)科，中醫(yī)臨床基礎(chǔ)和中藥學(xué)為浙江省重點學(xué)科，中西醫(yī)結(jié)合臨床、針灸推拿學(xué)、中醫(yī)骨傷學(xué)、中西醫(yī)結(jié)合基礎(chǔ)、中醫(yī)診斷學(xué)為浙江省重點扶植學(xué)科，另有省醫(yī)學(xué)和中醫(yī)藥重點學(xué)科14個。
我校作為教學(xué)研究型大學(xué)，積極發(fā)展研究生教育，研究生招生的規(guī)模逐年擴大。在研究生教育中，構(gòu)建兩個體系：一是高質(zhì)量、高水平、有特色的研究生教育培養(yǎng)體系；二是招生、培養(yǎng)、就業(yè)指導(dǎo)的研究生管理體系。實行研究生教育培養(yǎng)兩級管理體制。建立直攻制，積極探索本碩連讀和碩博連讀的培養(yǎng)方式。擴大在職人員同等學(xué)力申請碩士學(xué)位和研究生課程進修班的范圍和規(guī)模，積極開展臨床醫(yī)學(xué)碩士專業(yè)學(xué)位的培養(yǎng)工作，使研究生培養(yǎng)的規(guī)格和類型多樣化。重視研究生的課程建設(shè)和教學(xué)改革，尤其突出創(chuàng)新思維、創(chuàng)新能力的培養(yǎng)與教育。強化過程管理，嚴把質(zhì)量關(guān)，開展綜合測評、論文預(yù)答辯、論文隱名送審等工作。加強研究生的思想政治工作和日常管理工作，積極開展研究生的學(xué)術(shù)活動和社團活動，積極開展研究生的助教、助管、助研工作，促進研究生全面健康發(fā)展。
研究生質(zhì)量不斷提高，畢業(yè)研究生大多成為所在單位科研、教學(xué)或臨床骨干，有的被評為博士生導(dǎo)師、省級名中醫(yī)，有的擔(dān)任全國新世紀教材主編、副主編等，有的研究生在讀期間就獲得了國家發(fā)明專利。1999年，我校研究生處被教育部、國務(wù)院學(xué)位委員會授予"全國學(xué)位與研究生教育管理工作先進集體"榮譽稱號。在2002年浙江省學(xué)位辦組織的學(xué)位論文質(zhì)量抽查中，我校獲得了總體優(yōu)良的好成績。
浙江中醫(yī)學(xué)院的研究生教育經(jīng)過奠定基礎(chǔ)、穩(wěn)定發(fā)展、逐步完善等階段，目前已經(jīng)形成具有一定規(guī)模、學(xué)科門類比較齊備、學(xué)位類型多元化的中醫(yī)、中藥、中西醫(yī)結(jié)合研究生教育體系。
