微生物（microorganism)是存在于自然界中的一群體形細(xì)小、構(gòu)造簡(jiǎn)單、肉眼直接看不見(jiàn)，必須借助于光學(xué)顯微鏡或電子顯微鏡放大幾百倍、幾千倍甚至幾萬(wàn)倍才能觀察到的微小生物。微生物雖然個(gè)體微小，但具有一定的結(jié)構(gòu)、生理功能，并能在適宜的環(huán)境中快速地生長(zhǎng)和繁殖。
微生物的種類(lèi)繁多，至少在十萬(wàn)種以上。按其結(jié)構(gòu)、組成等差異，可分成三大類(lèi)。
1.非細(xì)胞型微生物 體積微小，能通過(guò)濾菌器；只能在活細(xì)胞內(nèi)生長(zhǎng)增殖，病毒屬之。
2．原核細(xì)胞型微生物 僅有原始核，無(wú)核仁和核膜；缺乏完整的細(xì)胞器。這類(lèi)微生物有細(xì)菌、衣原體、立克次體、支原體、螺旋體和放線菌。
3.真核細(xì)胞微生物 細(xì)胞核的分化程度較高，有核膜、核仁和染色體；胞漿內(nèi)有完整的細(xì)胞器。真菌是真核型微生物。
由于病毒、細(xì)菌、真菌等形態(tài)、結(jié)構(gòu)、生理活動(dòng)、代謝產(chǎn)物等不盡相同，它們又可各自進(jìn)一步分類(lèi)。
例如病毒若按寄生宿主分類(lèi)，則有細(xì)菌病毒（噬菌體)、植物病毒、動(dòng)物病毒等。根據(jù)病毒基因組的核酸種類(lèi)（DNA或RNA)、類(lèi)型（ds或ss)和有無(wú)包膜分類(lèi)，可有七大群、ds-DNA，有包膜，ds-DNA，無(wú)包膜；ss-DNA，無(wú)包膜；ds-RNA，有包膜；ds-RNA，無(wú)包膜；ss-RNA，有包膜；ss-RNA，無(wú)包膜。傳統(tǒng)的細(xì)菌分類(lèi)是按界、門(mén)、綱、目、科、屬、種分類(lèi)。有的在科屬之間分族，或在屬下分亞屬。細(xì)菌的命名都采用國(guó)際通用的林奈氏雙命名法（屬名在前，種名在后)。例如結(jié)核分枝桿菌（Mycobacterium tuberculosis)、金黃色葡萄球菌（Staphylococcus aureus)等。醫(yī)學(xué)全在線www.med126.com
必須指出，細(xì)菌形態(tài)特征在分類(lèi)中僅是初步的鑒定依據(jù)，一般尚需進(jìn)一步按其生理特性（培養(yǎng)性狀、生化反應(yīng)、產(chǎn)毒性等)、抗原構(gòu)造和DNA鹼基組成等鑒定。
種（species)是細(xì)菌的基本分類(lèi)單位。同一種細(xì)菌的形態(tài)、生理特性和組成成分都基本相同。具有密切相關(guān)的種組成（genera)，例如痢疾志賀氏菌、福氏志賀氏菌、鮑氏志賀氏菌和宋內(nèi)志賀氏菌等組成賀氏菌屬。有共同親緣關(guān)系菌屬、沙門(mén)氏菌屬等組成腸道桿菌科。
同一菌種之間仍有一定的差異，故以下還可分型（types)和變種（varieties)。又根據(jù)結(jié)構(gòu)不同可分成不同血清型（serotypes);對(duì)噬菌體或細(xì)菌素敏感性不同分成多種噬菌體型（phage－types) 或細(xì)菌素型（bacteriocin-types)。此外，尚有毒素型（toxin-types)和生物型（biotypes)。變種是指某些特性與典型種比較有明顯差異的細(xì)菌。
株（strains)是指不同來(lái)源的相同的種（或型)。具有典型特征的菌株稱(chēng)為標(biāo)準(zhǔn)株(standard strains)，如H37RV 為結(jié)核桿菌的強(qiáng)毒標(biāo)準(zhǔn)株。為了便于鑒定菌種需要，能同典型菌種進(jìn)行比較，實(shí)驗(yàn)室應(yīng)保存一些必要的標(biāo)準(zhǔn)菌株。
