新疆醫(yī)科大學(xué)藥學(xué)院的前身是創(chuàng)建于1978年的新疆醫(yī)學(xué)院藥學(xué)系。1998年，為加快新疆醫(yī)學(xué)高等教育事業(yè)的發(fā)展，適應(yīng)教育改革的需要，原新疆醫(yī)學(xué)院與原新疆中醫(yī)學(xué)院合并建立新疆醫(yī)科大學(xué)，同年藥學(xué)系更名為藥學(xué)院，它的成立標(biāo)志了新疆高等藥學(xué)教育進(jìn)入新的發(fā)展階段，是新疆藥學(xué)發(fā)展史上的重要里程碑。
　　藥學(xué)院下設(shè)五個(gè)教研室，是藥化/有機(jī)教研室、藥劑/物化教研室、藥分/分析/無(wú)機(jī)教研室、天藥/生藥教研室和藥理教研室。承擔(dān)了本專(zhuān)科藥學(xué)專(zhuān)業(yè)的藥理學(xué)、藥劑學(xué)、藥物分析、天然藥物化學(xué)、藥物化學(xué)、有機(jī)化學(xué)、物理化學(xué)、藥用植物學(xué)、分析化學(xué)、無(wú)機(jī)化學(xué)、生藥學(xué)、藥事管理、新藥設(shè)計(jì)與研究（選修)、毒物分析（選修)、波譜學(xué)（選修)、藥學(xué)英語(yǔ)（選修)等課程的教學(xué)和實(shí)驗(yàn)指導(dǎo)任務(wù);此外，還為研究生班開(kāi)設(shè)了近代儀器分析、新劑型研究與評(píng)價(jià)、生物藥劑學(xué)、波譜學(xué)、分子藥理學(xué)、心血管藥理學(xué)、免疫藥理學(xué)、神經(jīng)藥理學(xué)、日本語(yǔ)等課程；為基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院、預(yù)防醫(yī)學(xué)院及中醫(yī)學(xué)院開(kāi)設(shè)了基礎(chǔ)藥理學(xué)、臨床藥理學(xué)、衛(wèi)生化學(xué)、中藥藥理學(xué)等課程；近年來(lái)還為留學(xué)生班講授無(wú)機(jī)化學(xué)和有機(jī)化學(xué)等課程。
一、辦學(xué)指導(dǎo)思想

堅(jiān)持社會(huì)主義辦學(xué)方向，全面貫徹國(guó)家的教育方針，始終把培養(yǎng)德、智、體等方面全面發(fā)展的社會(huì)主義事業(yè)的建設(shè)者和接班人作為學(xué)院的根本任務(wù)；堅(jiān)持“團(tuán)結(jié)奉獻(xiàn)、求實(shí)創(chuàng)新”的優(yōu)良院風(fēng)；堅(jiān)持教學(xué)與科研相互促進(jìn)、協(xié)同發(fā)展，努力提高學(xué)院的教育質(zhì)量、科研水平和辦學(xué)實(shí)力；堅(jiān)持不斷深化教育教學(xué)改革，全面推進(jìn)素質(zhì)教育，培養(yǎng)“寬口徑，厚基礎(chǔ)，實(shí)踐能力強(qiáng)，綜合素質(zhì)高”，適應(yīng)社會(huì)發(fā)展需要，具有創(chuàng)新精神的高層次人才；堅(jiān)持立足新疆，服務(wù)全國(guó)，輻射周邊。走學(xué)、研、產(chǎn)發(fā)展之路，促進(jìn)科技成果轉(zhuǎn)化，將藥學(xué)院建設(shè)為國(guó)內(nèi)先進(jìn)、西北一流水平，并在周邊國(guó)家具有較大影響的學(xué)院。醫(yī)學(xué)全在線 gydjdsj.org.cn
二、發(fā)展規(guī)劃
學(xué)院到2010年的教育發(fā)展目標(biāo)是：堅(jiān)持以本科教育為主，大力發(fā)展研究生教育，穩(wěn)步發(fā)展職業(yè)、成人教育和繼續(xù)教育，走學(xué)、研、產(chǎn)發(fā)展道路。以本科教學(xué)評(píng)估為契機(jī)，全面實(shí)現(xiàn)學(xué)院的發(fā)展規(guī)劃，建立健全各項(xiàng)制度和措施，努力把我院建設(shè)成為同類(lèi)院校中居于國(guó)內(nèi)先進(jìn)、西北一流水平，并在周邊國(guó)家具有較大影響的研究教學(xué)型藥學(xué)院。這一總目標(biāo)的基本內(nèi)涵和主要標(biāo)志是：具有先進(jìn)的教育思想和觀念，具有總體水平較高的教師隊(duì)伍和管理干部隊(duì)伍，有一批國(guó)內(nèi)有影響的專(zhuān)家學(xué)者；能夠吸納優(yōu)秀生源，提供一流的育人環(huán)境，為國(guó)家和地方造就有競(jìng)爭(zhēng)力的高層次、高素質(zhì)、創(chuàng)造性人才；在學(xué)科前沿領(lǐng)域能取得突破的研究成果，能夠承擔(dān)國(guó)家重大的基礎(chǔ)和應(yīng)用研究項(xiàng)目，解決國(guó)民經(jīng)濟(jì)建設(shè)和社會(huì)發(fā)展中的重大問(wèn)題。
三、規(guī)劃實(shí)施效果
由于定位準(zhǔn)確，規(guī)劃有效實(shí)施，措施得力，學(xué)院的各項(xiàng)事業(yè)取得了突破性進(jìn)展。
1.學(xué)生規(guī)模穩(wěn)定增長(zhǎng)體現(xiàn)了學(xué)院“規(guī)模、結(jié)構(gòu)、質(zhì)量、效益”協(xié)調(diào)發(fā)展的指導(dǎo)思想。
2.教學(xué)改革效果明顯�！笆濉币詠�(lái)，學(xué)校每年設(shè)立專(zhuān)項(xiàng)經(jīng)費(fèi)，支持教改項(xiàng)目，學(xué)院也設(shè)立了經(jīng)費(fèi)支持教改項(xiàng)目，共支持3項(xiàng)校內(nèi)教改項(xiàng)目，4項(xiàng)院內(nèi)教改項(xiàng)目，1項(xiàng)自治區(qū)級(jí)教改項(xiàng)目。2003年獲新疆醫(yī)科大學(xué)優(yōu)秀教學(xué)成果個(gè)人一等獎(jiǎng)，優(yōu)秀教學(xué)成果集體鼓勵(lì)獎(jiǎng)。
3.專(zhuān)業(yè)、學(xué)科、課程建設(shè)水平顯著提升。學(xué)院以藥學(xué)本科專(zhuān)業(yè)為主，2004年新開(kāi)設(shè)了兩個(gè)新的專(zhuān)業(yè)研究方向�！笆濉币詠�(lái)，我院學(xué)科建設(shè)取得了一定成就，增加自治區(qū)重點(diǎn)學(xué)科一個(gè)，博士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)從無(wú)到有，碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)增加到6個(gè)，2003年藥學(xué)博士后科研流動(dòng)站掛牌成立。學(xué)院建成了3門(mén)校級(jí)重點(diǎn)課程，5門(mén)校級(jí)優(yōu)秀課程，1門(mén)新疆維吾爾自治區(qū)精品課程。近三年來(lái)共出版校內(nèi)教材16部。
4.科研實(shí)力與水平上新臺(tái)階。近年來(lái)，學(xué)院科研經(jīng)費(fèi)持續(xù)增長(zhǎng)。承擔(dān)著國(guó)家自然基金、國(guó)家863預(yù)研、國(guó)家科委資助西部開(kāi)發(fā)專(zhuān)項(xiàng)、教育部基金、衛(wèi)生部基金、自治區(qū)科技廳、自治區(qū)教育廳等縱向科研任務(wù)。
5.師資隊(duì)伍水平進(jìn)一步提升�！笆濉币詠�(lái)，通過(guò)引進(jìn)、培養(yǎng)和調(diào)整，師資隊(duì)伍建設(shè)取得了明顯進(jìn)展，教師職務(wù)結(jié)構(gòu)進(jìn)一步優(yōu)化，高學(xué)歷教師比例有了較大提高，碩士、博士比例達(dá)60.9%。各類(lèi)教師年齡結(jié)構(gòu)趨于合理，一批在疆內(nèi)頗有影響的學(xué)術(shù)帶頭人和中青年教師逐漸成長(zhǎng)起來(lái)，初步形成了一支以博士生導(dǎo)師為中堅(jiān)，中青年學(xué)科帶頭人和優(yōu)秀青年骨干教師為主體，老中青結(jié)構(gòu)合理的高效精干的教師隊(duì)伍。學(xué)院現(xiàn)在職、在崗教職工中有：國(guó)務(wù)院特貼專(zhuān)家4人，國(guó)家百千萬(wàn)人才2人，五四青年獎(jiǎng)?wù)芦@得者2人，教授12人，副教授32人。