學校于1980年開始招收培養(yǎng)碩士研究,1986年獲碩士學位授予權,到目前為止,共有碩士學科授權一級學科兩個，二級學科32個( 佳木斯大學授予碩士學位學科.專業(yè)目錄 )．按學科門類劃分，醫(yī)學20個，理學2個，工學7，文學2個,法學1個,現(xiàn)在校研究生620人.2000 年務院學位委員會批準我校為"在職人員申請碩士學位授予權"單位及“臨床醫(yī)學專業(yè)碩士學位授予權”試點單位。現(xiàn)有省級重點學科4個;研究生處具體負責研究生招生、業(yè)務培養(yǎng)、學生管理、學位授予和畢業(yè)派遣以及學科建設等工作。自 1996 年與日本高知醫(yī)科大學（現(xiàn)高知大學)建立校際間友好關系，每年選派部分在讀研究生赴日留學 。