佳木斯大學(xué)是1995年6月27日，經(jīng)原國家教委批準(zhǔn)，由佳木斯醫(yī)學(xué)院、佳木斯工學(xué)院、佳木斯師范�？茖W(xué)校和原佳木斯大學(xué)四所學(xué)校合并組成。1996年11月15日，省委任命張少杰為黨委書記、呂學(xué)詵為校長，組成新佳木斯大學(xué)領(lǐng)導(dǎo)班子。1996年11月21日，佳木斯大學(xué)正式掛牌啟動(dòng)。2000年5月、2003年5月、12月佳木斯市糧食干校、富錦師范學(xué)校、黑龍江省理工學(xué)校相繼并入。
 
　　合并前的四所院校，有兩所建于建國前。佳木斯醫(yī)學(xué)院前身是1947年成立的合江軍區(qū)衛(wèi)生干部學(xué)校，1958年學(xué)校成為本科院校，1980年開始招收碩士研究生；佳木斯師范專科學(xué)校成立于1949年，原為佳木斯師范學(xué)校，1978年升格為佳木斯師范�？茖W(xué)校；佳木斯工學(xué)院成立于1958年，是黑龍江省第一所以農(nóng)機(jī)專業(yè)為主的工科本科院校；原佳木斯大學(xué)成立于1985年，為市屬地方職業(yè)大學(xué)。

九年來，學(xué)校占地面積由88萬平方米發(fā)展到149萬平方米，建筑面積由35萬平方米增到84.13萬平方米（含職工住宅)。固定資產(chǎn)總值由1.2億元增加到7.5億元，其中教學(xué)儀器設(shè)備總值由2200萬元增加到1.37億元。學(xué)校藏書量由70余萬冊增到298萬冊（含電子圖書82.62萬冊)。碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)由9個(gè)增加到21個(gè)。在校生由8000多名增加到25109名。學(xué)生由以�？茷橹靼l(fā)展到以本科為主，生源由主要來自本省發(fā)展到來自全國30個(gè)�。ㄊ�)、自治區(qū)，其中外省學(xué)生已達(dá)在校生的三分之一。本科畢業(yè)生一次性就業(yè)率連續(xù)三年位居全省本科院校前六位，2004年達(dá)到91.5%。
九年來，學(xué)校把合校前隸屬關(guān)系不同、學(xué)科專業(yè)設(shè)置不同的四所院校整合為21個(gè)學(xué)院，2個(gè)直屬系，75個(gè)本�？茖I(yè)。專業(yè)設(shè)置覆蓋了文學(xué)、理學(xué)、工學(xué)、醫(yī)學(xué)、農(nóng)學(xué)、法學(xué)、經(jīng)濟(jì)學(xué)、教育學(xué)、歷史學(xué)、管理學(xué)十大學(xué)科門類。其中有省級重點(diǎn)學(xué)科4個(gè)、省級重點(diǎn)專業(yè)6個(gè)、省級重點(diǎn)課程12門、國家高職高專教學(xué)示范試點(diǎn)專業(yè)1個(gè)、省級重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室1個(gè)。合校以來,累計(jì)培養(yǎng)各級各類人才2.8萬余名。

　　學(xué)�，F(xiàn)有四個(gè)中心、32個(gè)研究所（室)，衛(wèi)生部康復(fù)人才培訓(xùn)中心和黑龍江省全科醫(yī)學(xué)培訓(xùn)中心也坐落在我校。學(xué)校還有三個(gè)附屬醫(yī)院、附屬中小學(xué)和兩個(gè)附屬工廠，其中，第一附屬醫(yī)院是國家三級甲等醫(yī)院和黑龍江省東部地區(qū)最大的醫(yī)療救治中心，第二附屬醫(yī)院同時(shí)是全省規(guī)模最大的以治療口腔疾病為主的醫(yī)院，第三附屬醫(yī)院是國內(nèi)知名的小兒腦癱療育中心。學(xué)校建立了覆蓋全校的校園寬帶網(wǎng)和佳木斯大學(xué)網(wǎng)站，編輯出版的《佳木斯大學(xué)社會(huì)科學(xué)學(xué)報(bào)》、《佳木斯大學(xué)自然科學(xué)學(xué)報(bào)》、《黑龍江醫(yī)藥科學(xué)》在國內(nèi)外公開發(fā)行。

　　九年來，學(xué)校教職工發(fā)展到5080人，正高職342人，副高職933人，具有博士學(xué)位32人、碩士學(xué)位398人，其中校本部教職工3183人，專任教師為1385人，教授184人，副教授406人。先后取得科研成果近200余項(xiàng)，獲國家、省級科技進(jìn)步獎(jiǎng)120余項(xiàng)；獲國家自然基金項(xiàng)目2項(xiàng)，教育部重點(diǎn)項(xiàng)目4項(xiàng)，衛(wèi)生部重點(diǎn)項(xiàng)目2項(xiàng)，省級研究項(xiàng)目235項(xiàng)。鑲鑄截齒技術(shù)填補(bǔ)了國內(nèi)空白；腦癱治療水平處于國內(nèi)領(lǐng)先地位；我校研發(fā)的乳腺康成為暢銷全國的品牌產(chǎn)品。近三年發(fā)表學(xué)術(shù)論文1791篇，其中國家級498篇、省級1255篇，四大檢索38篇。

　　九年來，學(xué)校黨委連續(xù)三次被省委授予先進(jìn)基層黨組織稱號，我校先后榮獲全國大中專學(xué)生志愿者社會(huì)實(shí)踐活動(dòng)先進(jìn)單位、全國學(xué)校及周邊治安綜合治理工作先進(jìn)集體、省級文明單位標(biāo)兵、全省“三五”普法標(biāo)兵單位等一系列榮譽(yù)稱號， 2004年成功地舉辦了黑龍江省第十三屆大學(xué)生運(yùn)動(dòng)會(huì)，并獲金牌總數(shù)第一名，田徑總分第一名。九度春秋，學(xué)校經(jīng)歷了三個(gè)階段的跨越式發(fā)展：

　　第一階段，從1996年加入全國首批高校管理體制改革到1999年合校三周年慶典，學(xué)校堅(jiān)持“積極、審慎、團(tuán)結(jié)、穩(wěn)定”的合校方針，順利實(shí)現(xiàn)學(xué)科群調(diào)整，深化干部人事制度改革，實(shí)行校院兩級管理，由合校到合心，勝利完成實(shí)質(zhì)性合校。

　　第二階段，從2000年到2002年，學(xué)校抓住我國高等教育由精英化向大眾化戰(zhàn)略轉(zhuǎn)變的機(jī)遇，搶抓機(jī)遇，加快發(fā)展，辦學(xué)規(guī)模不斷擴(kuò)大，辦學(xué)條件得到較大改善，各項(xiàng)事業(yè)蓬勃發(fā)展。

　　第三階段，從2003年至今，學(xué)校以國家本科教學(xué)工作水平評估為契機(jī)，堅(jiān)持走內(nèi)涵發(fā)展道路，全面提高教育教學(xué)質(zhì)量，辦學(xué)規(guī)模、結(jié)構(gòu)、質(zhì)量、效益協(xié)調(diào)發(fā)展。

　　經(jīng)過九年來三個(gè)階段的快速發(fā)展，學(xué)校現(xiàn)已成為黑龍江省省屬高校中規(guī)模較大、學(xué)科齊全、人才全面素質(zhì)培養(yǎng)實(shí)力較強(qiáng)，融研究生教育、普通高等教育、繼續(xù)教育、職業(yè)技術(shù)教育于一體的省屬重點(diǎn)建設(shè)的綜合性大學(xué)。