哈爾濱醫(yī)科大學基礎(chǔ)醫(yī)學院現(xiàn)設(shè)有國家理科（醫(yī)藥學）基礎(chǔ)科學研究和教學人才培養(yǎng)基地、衛(wèi)生部俄語培訓中心、基礎(chǔ)醫(yī)學和生物學兩個一級學科博士授權(quán)點、基礎(chǔ)醫(yī)學和生物學兩個博士后流動站、黑龍江省生物醫(yī)藥工程重點實驗室－省部共建國家重點實驗室培育基地、黑龍江省醫(yī)學分子生物學重點實驗室、黑龍江省普通高校醫(yī)學細胞生物工程重點實驗室、黑龍江省普通高校BSL-3重點實驗室、；下設(shè)一個學部、十六個教研室，五個實驗技術(shù)教學中心，其中包括十二個博士授權(quán)點、十三個碩士授權(quán)點和七個省級重點學科。黑龍江省基礎(chǔ)醫(yī)學研究所設(shè)有十二個研究室。

    在教學上學院堅持基礎(chǔ)醫(yī)學與臨床實踐相結(jié)合、計算機數(shù)理化與基礎(chǔ)醫(yī)學相結(jié)合、理論與實踐相結(jié)合的原則，注重加強學生動腦、動手能力的培養(yǎng)，建立了行之有效的《7年制學生科研能力培養(yǎng)的模式》。以學生綜合素質(zhì)培養(yǎng)為中心的教學改革，多次獲得國家和省的優(yōu)秀教學成果獎。近年來，學院承擔“世界銀行貸款的21世紀初高等教育教學改革項目”2項，《理科基地基礎(chǔ)醫(yī)學PBL教學法的研究與實踐》和《實驗教學研究和實踐》都已結(jié)題，通過國家教育部驗收。《創(chuàng)建優(yōu)秀理科基地，高層次培養(yǎng)基礎(chǔ)醫(yī)學人才》獲國家教學成果二等獎�！�
    經(jīng)過建設(shè)與發(fā)展，基礎(chǔ)醫(yī)學院的課程設(shè)置更加合理，師資隊伍建設(shè)水平明顯提高，總體實力明顯增強，保證了教學質(zhì)量，并形成了適應(yīng)現(xiàn)代醫(yī)學教育實際需要的課程體系和行之有效的教學管理與運行模式。
    多年來，在學科建設(shè)和師資隊伍培養(yǎng)上，學院堅持“加速培養(yǎng)，大膽使用”的原則，使一批學術(shù)點加快建設(shè)、積極發(fā)展，一批國內(nèi)外有突出成就的科技骨干快速成為學科帶頭人。在科學研究方面，他們加強了基礎(chǔ)理論與應(yīng)用基礎(chǔ)的研究。目前主攻方向是人類基因組計劃、腫瘤病理與遺傳學研究、干細胞的培養(yǎng)與應(yīng)用研究、腫瘤相關(guān)病毒及嗜神經(jīng)病毒的分子生物學研究、生物大分子結(jié)構(gòu)與功能研究、心肌缺血再灌注損傷與保護機制的研究、生殖內(nèi)分泌研究、痛與鎮(zhèn)痛的神經(jīng)電生理研究、膜通道的研究、淋巴管研究和移植免疫研究等方面的研究。十五期間，基礎(chǔ)醫(yī)學學院承擔科研項目223項，總資助金額為1633.1萬元。其中國家“973”課題1項,“863”課題2項，國家自然科學基金21項，省、部級課題46項，廳、局級課題147項，其它課題6項。另外，學院還承擔國際合作項目26項，橫向合作課題24項。學院科技開發(fā)事業(yè)與科技成果轉(zhuǎn)化工作正處在發(fā)展之中，新生物技術(shù)公司等經(jīng)濟實體已取得了較好的經(jīng)濟效益和社會效益，促進學院教學和科研工作全面發(fā)展。