基礎醫(yī)學系的研究生培養(yǎng)工作是建立在生物學專業(yè)研究生培養(yǎng)的基礎上。自醫(yī)學院成立以來，一直在清華大學生命學院生物學研究生培養(yǎng)方案的引領下培養(yǎng)自己的研究生，2008年全國優(yōu)秀博士學位論文1篇。
自2007年以來，多位青年學者回國加盟基礎醫(yī)學系，不僅拓展了基礎醫(yī)學系的生物學研究方向，而且給年輕的醫(yī)學院帶來了勃勃生機。
目前基礎醫(yī)學系PIs的研究方向已包括神經科學、膜蛋白與重大疾病研究、生物化學與分子生物學、表觀遺傳學與癌癥研究、免疫學與傳染病研究、干細胞與再生醫(yī)學等，劉國松，顏寧，常智杰等教授在國際著名期刊發(fā)表的高水平的論文足以體現醫(yī)學院教授指導研究生的能力。
“2012年清華大學醫(yī)學院生物學和藥學暑期夏令營”吸引了全國大批優(yōu)秀的“985”和“211”大學的優(yōu)秀本科生的申請。為提高研究生培養(yǎng)質量，引導學生做自己感興趣的科研方向，基礎醫(yī)學系實行了“輪轉擇導“的改革機制，即博士生被錄取后經過1個學期的3個實驗室輪轉之后才通過雙向選擇的方式定導師。此外，為提高培養(yǎng)質量，全面考核研究生的繼續(xù)學業(yè)的能力醫(yī),學,全,在,線,提,供gydjdsj.org.cn，建立了新的“博士生資格考試”規(guī)則，不僅考核學生的學習能力，而且希望通過考核內容，引導學生具有鉆研精神。此項改革贏得了學校的鼓勵和支持。
基于基礎醫(yī)學系在生物學研究生培養(yǎng)方面的成就，2011年成為了基礎醫(yī)學一級學科碩士點，不僅培養(yǎng)了本國的碩士研究生，而且招收了海外留學生。通過努力，我們相信不遠的將來，醫(yī)學院會成為基礎醫(yī)學一級學科博士點。
