基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)系的研究生培養(yǎng)工作是建立在生物學(xué)專業(yè)研究生培養(yǎng)的基礎(chǔ)上。自醫(yī)學(xué)院成立以來，一直在清華大學(xué)生命學(xué)院生物學(xué)研究生培養(yǎng)方案的引領(lǐng)下培養(yǎng)自己的研究生，2008年全國優(yōu)秀博士學(xué)位論文1篇。
自2007年以來，多位青年學(xué)者回國加盟基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)系，不僅拓展了基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)系的生物學(xué)研究方向，而且給年輕的醫(yī)學(xué)院帶來了勃勃生機。
目前基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)系PIs的研究方向已包括神經(jīng)科學(xué)、膜蛋白與重大疾病研究、生物化學(xué)與分子生物學(xué)、表觀遺傳學(xué)與癌癥研究、免疫學(xué)與傳染病研究、干細(xì)胞與再生醫(yī)學(xué)等，劉國松，顏寧，常智杰等教授在國際著名期刊發(fā)表的高水平的論文足以體現(xiàn)醫(yī)學(xué)院教授指導(dǎo)研究生的能力。
“2012年清華大學(xué)醫(yī)學(xué)院生物學(xué)和藥學(xué)暑期夏令營”吸引了全國大批優(yōu)秀的“985”和“211”大學(xué)的優(yōu)秀本科生的申請。為提高研究生培養(yǎng)質(zhì)量，引導(dǎo)學(xué)生做自己感興趣的科研方向，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)系實行了“輪轉(zhuǎn)擇導(dǎo)“的改革機制，即博士生被錄取后經(jīng)過1個學(xué)期的3個實驗室輪轉(zhuǎn)之后才通過雙向選擇的方式定導(dǎo)師。此外，為提高培養(yǎng)質(zhì)量，全面考核研究生的繼續(xù)學(xué)業(yè)的能力醫(yī),學(xué),全,在,線,提,供gydjdsj.org.cn，建立了新的“博士生資格考試”規(guī)則，不僅考核學(xué)生的學(xué)習(xí)能力，而且希望通過考核內(nèi)容，引導(dǎo)學(xué)生具有鉆研精神。此項改革贏得了學(xué)校的鼓勵和支持。
基于基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)系在生物學(xué)研究生培養(yǎng)方面的成就，2011年成為了基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)一級學(xué)科碩士點，不僅培養(yǎng)了本國的碩士研究生，而且招收了海外留學(xué)生。通過努力，我們相信不遠(yuǎn)的將來，醫(yī)學(xué)院會成為基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)一級學(xué)科博士點。
