安徽中醫(yī)學(xué)院是全國最早開辦中醫(yī)研究生教育的高校之一，1978年開始招收碩士研究生，1999年開始與復(fù)旦大學(xué)、北京中醫(yī)藥大學(xué)等聯(lián)合培養(yǎng)博士研究生；2008年，獲準(zhǔn)成為推薦優(yōu)秀應(yīng)屆本科畢業(yè)生免試攻讀碩士學(xué)位研究生的院校。學(xué)校是安徽省高校首批博士后崗位設(shè)置單位。2009年，學(xué)校以中醫(yī)學(xué)、中藥學(xué)為授權(quán)學(xué)科，中西醫(yī)結(jié)合、藥學(xué)學(xué)科為支撐學(xué)科成功申報并成為國家級新增博士學(xué)位授予立項建設(shè)單位，即將迎來國務(wù)院學(xué)位辦終期檢查驗收。
學(xué)校以博士點立項建設(shè)為帶動醫(yī)學(xué)全在線,搜集整,理gydjdsj.org.cn，強化重點學(xué)科內(nèi)涵建設(shè)。現(xiàn)有省部級以上重點學(xué)科30個，其中，國家中醫(yī)藥重點學(xué)科17 個，安徽省A類重點學(xué)科1 個，安徽省B類重點學(xué)科12個。
學(xué)校有4個一級學(xué)科具有碩士學(xué)位授予權(quán)，25個二級學(xué)科具有碩士學(xué)位授予權(quán)，2個專業(yè)碩士學(xué)位授權(quán)點。
面向“十二五”，學(xué)校遵循高等中醫(yī)藥教育發(fā)展規(guī)律，堅持以中醫(yī)、中藥、中西醫(yī)結(jié)合、藥學(xué)學(xué)科為主體，凸顯中醫(yī)藥特色和優(yōu)勢，同時積極發(fā)展中醫(yī)藥相關(guān)學(xué)科，形成醫(yī)、管、理、工、經(jīng)、文多學(xué)科協(xié)調(diào)發(fā)展的學(xué)科體系。
