首都醫(yī)科大學中醫(yī)藥學院前身是北京中醫(yī)學院分院，創(chuàng)建于1978年。1986年掛靠北京聯合大學獨立辦學，是北京市屬唯一一所培養(yǎng)高級中醫(yī)藥人才的院校，30年來為北京地區(qū)培養(yǎng)中醫(yī)藥高級專業(yè)人才3000余人，在職培訓2000余人，其中相當一部分已經成為北京市中醫(yī)藥行業(yè)的骨干。2002年學院并入首都醫(yī)科大學，成為其二級學院。
目前，學院設置行政管理機構三個，分別為學院辦公室、教學科研辦公室和學生工作辦公室；設置教學機構3個，分別是中醫(yī)系、中藥系和實驗教學中心。中醫(yī)系有中醫(yī)基礎學、中醫(yī)臨床基礎學、方劑學、針灸推拿學、醫(yī)史文獻學5個教研室，中藥系有中藥藥劑學、臨床中藥學、中藥化學、中藥資源學四個教研室。學院建有首都醫(yī)科大學中醫(yī)藥研究所，內設中醫(yī)代謝病研究中心、中醫(yī)腦病研究中心、中醫(yī)肝病研究中心以及中藥新藥研發(fā)中心。在重大疾病的基礎研究與臨床防治方面開展研究，研制和開發(fā)新藥物。
學院領導班子由正副書記、正副院長5人組成，均為兼職管理干部和學科學術帶頭人。班子建設著重加強獨立領導學院建設與發(fā)展的能力，治院理教水平不斷提高。建立了領導班子思想、組織、作風、建設的一系列規(guī)章制度，堅持黨政共同負責制醫(yī).學全.在.線網站gydjdsj.org.cn，完善民主集中制的各項制度；堅持集體領導、集體決議保持團結統(tǒng)一；廉潔從政，用黨的制度和紀律規(guī)范從政行為。經受住了調整、改革的考驗，逐漸成熟進步成為務實奮進的領導集體。
“十一五”期間，學院圍繞建設教學研究型的“國內一流、國際知名”醫(yī)科大學的戰(zhàn)略目標，以學科建設為中心，制定了以“優(yōu)、特、重”建設為核心、全面推進的策略，突出中醫(yī)與中藥緊密結合、基礎與臨床緊密結合的學科特色。學科布局明顯優(yōu)化，學院現有1個北京市重點建設學科—中醫(yī)學，下設5個二級學科群；中藥學系下設4個二級學科群。形成了優(yōu)勢學科-中醫(yī)臨床基礎學科，特色學科-中醫(yī)醫(yī)史文獻學科，重點建設學科-中藥制藥學科，重點扶持學科-臨床中藥學科，教育必需學科-中醫(yī)基礎學、方劑學、中藥化學、中藥資源學，新建恢復學科-針灸推拿學科。目前擁有中醫(yī)學、中藥學兩個碩士一級學科授權學科，在中醫(yī)臨床基礎、中醫(yī)醫(yī)史文獻、中醫(yī)診斷學、方劑學、中醫(yī)基礎理論及中藥學專業(yè)招收研究生。
中醫(yī)臨床基礎學科以經典理論指導臨床證治研究為切入點，開展中醫(yī)藥防治肝病、代謝性疾病及老年病的研究；中醫(yī)醫(yī)史文獻學科研究中醫(yī)文獻的語言規(guī)律、特點及在醫(yī)學理論發(fā)展中的地位與作用，完成古醫(yī)籍中重言的研究與整理，創(chuàng)建了中醫(yī)癥狀語言、消渴古籍網絡等數據庫；中藥制藥學科利用制劑新技術對傳統(tǒng)中藥生產進行改革,并在提取、精制、成型、增加穩(wěn)定性等方面進行應用評價和推廣研究。
