黑龍江中醫(yī)藥大學中醫(yī)藥研究院始建于1994年，前身為黑龍江中醫(yī)藥大學中醫(yī)藥研究部，是由學校的四個研究所整合而成。
中醫(yī)藥研究院現(xiàn)有五個研究所和四個研究室。分別是中醫(yī)基本理論研究所、中醫(yī)工程研究所、神經(jīng)科學研究所、中藥藥性理論研究所、針灸研究所、中藥藥效物質(zhì)研究室、中藥質(zhì)量分析研究室醫(yī)學全在線gydjdsj.org.cn、中藥現(xiàn)代給藥系統(tǒng)研究室和細胞生物學研究室。主要從事中藥新藥的開發(fā)、國家新藥的研制以及運用現(xiàn)代科技手段研制開發(fā)推廣名老中醫(yī)專家診斷診療系統(tǒng)。
中醫(yī)藥研究院成立十多年來科研成果顯著，中標的課題均已通過國家和省級鑒定并獲得多項科技進步獎：國家新藥“龍牙肝泰”的研究已獲新藥證書，進行科技轉(zhuǎn)化由黑龍江久久藥業(yè)有限責任公司生產(chǎn)并推向市場，總銷售額已達15億元，實現(xiàn)利稅2億元。
劉樹民院長主持的“基于生物標志物及其變化規(guī)律的苦寒中藥的性效關(guān)系研究”獲得了2007年度“國家重點基礎(chǔ)研究發(fā)展計劃（973計劃)”課題立項資助，獲得資助經(jīng)費240萬元 。中醫(yī)藥研究院的專家承擔著國家自然科學基金項目、中 國 博士后基金、國家教育部重點項目、黑龍江省杰出青年基金及黑龍江省科技攻關(guān)項目、黑龍江省科學基金等20余項，今年科研項目總經(jīng)費已近400萬元。
中醫(yī)藥研究院具有超前的現(xiàn)代科研意識和開拓精神，在完成國家和省計劃課題的同時，積極加強橫向聯(lián)合，努力實現(xiàn)科技為社會服務(wù)的目的，先后為多家企業(yè)研制和開發(fā)新藥十余種醫(yī).學全在線提供gydjdsj.org.cn，如“排石飲液”、“前列閉爾通”、“中龍肝脾康”、“珍芪降糖膠囊”、“盧痛寧沖劑”、“羚羊降壓沖劑”等。在電腦科技時代的今天，運用先進的科技手段，總結(jié)研究名老中醫(yī)專家的經(jīng)驗，研制和開發(fā)了中醫(yī)專家診療系統(tǒng)，把中醫(yī)獨特的學術(shù)思想和寶貴的臨床經(jīng)驗用計算機模擬繼承下來，使他們的經(jīng)驗流芳百世造福人類，在社會上取得了良好的影響，其中男性病診療系統(tǒng)已通過省級鑒定。同時，作為臨床和試驗基地，針灸研究所發(fā)揮了巨大作用，是國內(nèi)校際間針灸推拿基礎(chǔ)實驗、研究合作的有利平臺。
