我所是國務(wù)院批準的首批具有博士、碩士授予權(quán)的科研單位，自1978年恢復(fù)研究生招生制度至今，共培養(yǎng)研究生近千名。最近幾年來，碩士及博士招生中多項指標均名列全院前十名以內(nèi)。逐步確立了從招生、培養(yǎng)、學(xué)位授予、就業(yè)等“全生命周期”管理的理念。研究生教育在研究所工作中的權(quán)重逐年增加，受到歷任所領(lǐng)導(dǎo)的重視。目前我所設(shè)有微生物學(xué)、遺傳學(xué)、生物化學(xué)與分子生物學(xué)三個二級學(xué)科，并設(shè)有博士后流動站；新增生物工程專業(yè)學(xué)位碩士培養(yǎng)點。
微生物學(xué)學(xué)科方向：我國是世界上微生物資源最豐富的國家之一。微生物資源研究反映了微生物學(xué)基礎(chǔ)研究的水平，是國情調(diào)查、資源保護、開發(fā)和可持續(xù)利用的基礎(chǔ)，是生物多樣性研究和瀕危物種保護的基礎(chǔ)，也是包括微生物分子生物學(xué)和生物技術(shù)在內(nèi)的微生物學(xué)各分支學(xué)科的基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)全在,線gydjdsj.org.cn。這一領(lǐng)域的研究將加速微物生資源調(diào)查、收集、系統(tǒng)分類的研究，擴大微生物菌種與標本保藏量，建立我國微生物物種資源庫，使之成為亞洲最大的微生物菌種保藏中心和亞洲最大的菌物標本館。在系統(tǒng)分類研究中普遍引入新的方法、新技術(shù)、新設(shè)想，開展生物多樣性、系統(tǒng)進化、微生物生態(tài)研究，為大規(guī)模篩選功能物質(zhì)提供材料，其中，極端微生物和對農(nóng)作物有害或有益的微生物的研究以逐漸成為當前的熱點研究領(lǐng)域。
微生物學(xué)專業(yè)研究方向主要包括：真菌及地衣學(xué)、微生物資源、分類、系統(tǒng)學(xué)、多樣性、群體遺傳與演化、協(xié)同代謝分子機理、環(huán)境微生物學(xué)、工業(yè)微生物學(xué)、系統(tǒng)生物技術(shù)、微生物生理學(xué)、微生物生理學(xué)、微生物代謝學(xué)、微生物生態(tài)學(xué)、微生物生化工程、分子病毒學(xué)、分子免疫學(xué)。
遺傳學(xué)學(xué)科方向：分子生物學(xué)從誕生以來一直是生命科學(xué)的帶頭學(xué)科，微生物分子生物學(xué)又是分子生物學(xué)研究的基礎(chǔ)，動、植物分子生物學(xué)研究離不開微生物材料，常借鑒微生物的方法并以微生物為模式物種。微生物分子生物學(xué)的研究又為生物技術(shù)的發(fā)展提供了學(xué)科基礎(chǔ)。本著有所為，有所不為的原則，我所微生物分子生物學(xué)的研究將突出有較好基礎(chǔ)的分子病毒學(xué)和分子遺傳學(xué)醫(yī)學(xué).全在線gydjdsj.org.cn，并對微生物基因組學(xué)等新生長點進行部署。研究內(nèi)容主要包括微生物基因轉(zhuǎn)錄、翻譯和翻譯后水平的表達調(diào)控，微生物發(fā)育分化和代謝途徑的分子機理，重要人和動植物病毒、朊病毒的分子生物學(xué)研究，農(nóng)作物病原菌基因組學(xué)，微生物與植物的相互作用，微生物基因資源及與特殊環(huán)境、人口健康有關(guān)的功能基因組學(xué)，微生物分子育種的新技術(shù)、新方法研究等。
遺傳學(xué)專業(yè)主要研究方向包括：微生物基因表達調(diào)控、微生物分子遺傳學(xué)、發(fā)育分化、次生代謝的分子調(diào)控、極端古菌遺傳與適應(yīng)機制、植物生物技術(shù)、植物基因工程、植物病毒的分子生物學(xué)、植物分子生物學(xué)、微生物-植物相互作用、微生物分子育種、基因組學(xué)、微生物基因表達系統(tǒng)的改造、優(yōu)化及利用等。
生物化學(xué)與分子生物學(xué)學(xué)科方向：自從重組DNA技術(shù)問世以來，生物技術(shù)以前所未有的速度迅猛發(fā)展，微生物以其生長速度、培養(yǎng)方法簡單、安全易控制等特點使微生物生物技術(shù)成為現(xiàn)代生物技術(shù)的先導(dǎo)和基礎(chǔ)，對經(jīng)濟發(fā)展、人民生活、國防建設(shè)均產(chǎn)生重大影響，微生物生物技術(shù)在商業(yè)上的巨大機遇也刺激和促進整個生命科學(xué)的發(fā)展。微生物所在這一領(lǐng)域的研究主要以國家目標和市場需求為導(dǎo)向醫(yī)學(xué)全在線gydjdsj.org.cn，圍繞與傳統(tǒng)工業(yè)微生物產(chǎn)業(yè)的高新技術(shù)改造、糧食的高值化、微生物農(nóng)藥和肥料、環(huán)境保護、污染環(huán)境的微生物整治、環(huán)保產(chǎn)品的研究開發(fā)、微生物能源、細胞免疫學(xué)、重要致病菌的分子致病機理等有關(guān)方面展開。以微生物分子育種的新技術(shù)新方法，全面更新我所的傳統(tǒng)微生物生物技術(shù)，內(nèi)容涉及重要工業(yè)酶和代謝途徑關(guān)鍵酶基因表達調(diào)控與基因結(jié)構(gòu)的研究、新基因表達系統(tǒng)的研究、重要工業(yè)微生物產(chǎn)品代謝工程研究等。
生物化學(xué)與分子生物學(xué)專業(yè)研究主要方向包括：應(yīng)用微生物的分子生物學(xué)、微生物多糖的合成與功能、分子免疫與分子病毒學(xué)、病原與宿主的相互作用、微生物代謝調(diào)控、極端環(huán)境微生物遺傳機制、細胞周期調(diào)控的分子機制、EGFR與細胞自噬、微生物藥物、微生物次生代謝產(chǎn)物的結(jié)構(gòu)與功能研究、糖化學(xué)。
生物工程學(xué)科方向：微生物所長期以來和企業(yè)密切合作，為我國國民經(jīng)濟經(jīng)濟的建設(shè)與發(fā)展做出了重要貢獻。在應(yīng)用研究方面，在二步發(fā)酵法生產(chǎn)維生素C新工藝、纖維素酶、糖化酶以及其它酶制劑研究、石油發(fā)酵生產(chǎn)長鏈二元酸、谷氨酸和其它有機酸的發(fā)酵生產(chǎn)、煙草花葉病毒核酸和外殼體外酶促合成以及馬鈴薯退化病的防治研究等方面取得了重要成果。近年來，又獲得了長鏈二元酸醫(yī)學(xué)全在線gydjdsj.org.cn、乳鏈菌肽、低聚糖、食藥用真菌、生物降解塑料、氨基酸、轉(zhuǎn)基因植物等多項成果，并通過技術(shù)轉(zhuǎn)讓獲得了巨大的經(jīng)濟效益，其中，前三項成果分別獲得了國家科技進步二等獎和國家技術(shù)發(fā)明二等獎。生物工程領(lǐng)域碩士研究生教育的開展，將為社會培養(yǎng)一大批生命產(chǎn)業(yè)應(yīng)用型、復(fù)合型高層次工程技術(shù)人才，對生命科學(xué)的可持續(xù)發(fā)展提供強大的人才保障。
生物工程領(lǐng)域（代碼：430139)主要研究方向包括：污染突然生物修復(fù)工程，極端酶工程，重要絲狀真菌的代謝工程，抗植物細菌病害基因工程，發(fā)酵工程，漢遜酵母源蛋白工程，酶的克隆表達及定向進化，多殺菌素的產(chǎn)量提高，蛋白質(zhì)藥物工藝設(shè)計以及疫苗工程等。