學院現(xiàn)有國家級精品課程9門，北京市級精品課程10門；2005年和2009年分別有兩項教學成果和一項教學成果獲國家級教學成果二等獎、北京市一等獎；2010年學院被評為”北京市模范集體；2006年和2008年生物醫(yī)學實驗教學中心分別被評為“北京市高等學校實驗教學示范中心”和“國家級高等學校實驗教學示范中心”； 2007年、2008年和2010年病理學、免疫學及人體解剖學分別被評為“教育部雙語教學示范課程”；2007年和2010年“生理學科創(chuàng)新人才培養(yǎng)教學團隊”被評為北京市優(yōu)秀教學團隊及國家級教學團隊，2009年“生物化學與分子生物學學科創(chuàng)新人才培養(yǎng)教學團隊” 被評為北京市級優(yōu)秀教學團隊及國家級教學團隊； 2008年“基礎醫(yī)學”專業(yè)被評為北京市特色專業(yè)；有5人獲北京市教學名師獎,2011年有1人獲寶鋼教育基金會優(yōu)秀教師特等獎。
在科研方面，學院主要從事生物醫(yī)學領域的基礎及應用基礎研究，擁有雄厚的科學研究綜合實力。2000年-2011年獲得各類科技成果獎103項。其中國家自然科學獎2項、部委和北京市科技進步獎29項、國家及國際發(fā)明專利50項、其他科技成果獎36項；2005年-2011年發(fā)表科研論文2218篇，SCI收錄刊物發(fā)表論文1179篇，包括《Cell》、《Nature》、《Nature Cell Biology》和《Nature Neuroscience》等。2005年-2011年承擔各類科研課題（科技項目)757項，共獲科研經(jīng)費約53887萬元。其中承擔“973和國家重大科學研究計劃”項目28項，資助經(jīng)費合計8746萬元；承擔“863計劃”項目15項，批準經(jīng)費合計5487萬元；承擔“國家科技重大專項”課題8項gydjdsj.org.cn，資助經(jīng)費合計5523萬元；獲得國家自然科學基金項目224項，資助經(jīng)費合計15677萬元；獲得教育部科學基金項目115項，資助經(jīng)費合計3790萬元；獲得北京市科技項目65項，資助經(jīng)費合計1998萬元。
學院近年來逐漸加強生物技術和醫(yī)藥產品的研究開發(fā)及與國內外大型醫(yī)藥企業(yè)的合作，在科技開發(fā)工作中也取得一些重大進展。在基因工程藥物、腫瘤的免疫治療、自身免疫病治療gydjdsj.org.cn、心血管疾病的基因治療、干細胞治療神經(jīng)系統(tǒng)退行性疾病和角膜疾病、診斷試劑研制等領域，一批新開發(fā)項目已取得動物實驗或臨床試用的良好效果，具有很好的應用前景。
學院還十分重視國際間的交流與合作，注重借鑒世界先進的醫(yī)學研究成果和教學經(jīng)驗，不斷提高自身整體辦學水平。已與幾十所世界一流醫(yī)學院校和科研機構開展了項目合作研究、人員交流、合作舉辦國際會議等多種形式的合作交流，建立了廣泛的深層次聯(lián)系。
歷經(jīng)50年的發(fā)展歷程，現(xiàn)在的北京大學基礎醫(yī)學院已成為國內著名的、以發(fā)展多層次基礎醫(yī)學教育、研究人類生命科學和防治疾病的基礎理論為主要目標的教學科研中心之一，是國家基礎醫(yī)學領域高級專門人才的培訓基地之一。
