2002年9月教育部、衛(wèi)生部?jī)刹款I(lǐng)導(dǎo)簽署了清華大學(xué)與中國(guó)協(xié)和醫(yī)科大學(xué)緊密合作，共建“清華大學(xué)北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院”的協(xié)議，中國(guó)協(xié)和醫(yī)科大學(xué)進(jìn)入“211”和“985”工程建設(shè)項(xiàng)目。此協(xié)議在2007年5月的新協(xié)議誕生后終止�！扒迦A大學(xué)北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院”的名字為協(xié)議文件中的歷史產(chǎn)物，從未有正式注冊(cè)和使用過。
2006年9月，根據(jù)清華大學(xué)和中國(guó)協(xié)和醫(yī)科大學(xué)簽署的《清華大學(xué)和中國(guó)協(xié)和醫(yī)科大學(xué)關(guān)于落實(shí)兩部協(xié)議的實(shí)施意見》，中國(guó)協(xié)和醫(yī)科大學(xué)更名為北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院（清華大學(xué)醫(yī)學(xué)部)，英文名稱為Peking Union Medical College, Tsinghua Uninversity。此協(xié)議在2007年5月的新協(xié)議誕生后終止�！氨本﹨f(xié)和醫(yī)學(xué)院（清華大學(xué)醫(yī)學(xué)部)以及英文名稱為Peking Union Medical College, Tsinghua Uninversity”的名字為協(xié)議文件中的歷史產(chǎn)物，從未有正式注冊(cè)和使用過。
按照教育部衛(wèi)生部2007年協(xié)議，中國(guó)協(xié)和醫(yī)科大學(xué)正式更名為“北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院”；鑒于與清華大學(xué)緊密合作辦學(xué)的需要，同時(shí)使用“北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院—清華大學(xué)醫(yī)學(xué)部”的名稱。gydjdsj.org.cn中國(guó)協(xié)和醫(yī)科大學(xué)與清華大學(xué)合作辦學(xué)，但兩校并未合并。“北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院-清華大學(xué)醫(yī)學(xué)部”中的“北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院”部分來(lái)自中國(guó)協(xié)和醫(yī)科大學(xué)，北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院-清華大學(xué)醫(yī)學(xué)部”中的“清華大學(xué)醫(yī)學(xué)部”部分來(lái)自清華大學(xué)醫(yī)學(xué)院。
北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院不是清華大學(xué)醫(yī)學(xué)部，清華大學(xué)醫(yī)學(xué)院最終將成為清華大學(xué)醫(yī)學(xué)部，屆時(shí)北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院與清華大學(xué)醫(yī)學(xué)部作為兩個(gè)實(shí)體進(jìn)行合作，共同建設(shè)“北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院-清華大學(xué)醫(yī)學(xué)部”。
北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院不屬于清華大學(xué)，北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院只有臨床專業(yè)與清華大學(xué)合作，護(hù)理專業(yè)、附屬醫(yī)院、臨床教學(xué)基地和其它均屬于北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院。清華大學(xué)醫(yī)學(xué)院的藥學(xué)專業(yè)、附屬醫(yī)院、臨床教學(xué)基地和其它均屬于清華大學(xué)。
