2002年9月教育部、衛(wèi)生部兩部領(lǐng)導簽署了清華大學與中國協(xié)和醫(yī)科大學緊密合作，共建“清華大學北京協(xié)和醫(yī)學院”的協(xié)議，中國協(xié)和醫(yī)科大學進入“211”和“985”工程建設項目。此協(xié)議在2007年5月的新協(xié)議誕生后終止�！扒迦A大學北京協(xié)和醫(yī)學院”的名字為協(xié)議文件中的歷史產(chǎn)物，從未有正式注冊和使用過。
2006年9月，根據(jù)清華大學和中國協(xié)和醫(yī)科大學簽署的《清華大學和中國協(xié)和醫(yī)科大學關(guān)于落實兩部協(xié)議的實施意見》，中國協(xié)和醫(yī)科大學更名為北京協(xié)和醫(yī)學院（清華大學醫(yī)學部)，英文名稱為Peking Union Medical College, Tsinghua Uninversity。此協(xié)議在2007年5月的新協(xié)議誕生后終止�！氨本﹨f(xié)和醫(yī)學院（清華大學醫(yī)學部)以及英文名稱為Peking Union Medical College, Tsinghua Uninversity”的名字為協(xié)議文件中的歷史產(chǎn)物，從未有正式注冊和使用過。
按照教育部衛(wèi)生部2007年協(xié)議，中國協(xié)和醫(yī)科大學正式更名為“北京協(xié)和醫(yī)學院”；鑒于與清華大學緊密合作辦學的需要，同時使用“北京協(xié)和醫(yī)學院—清華大學醫(yī)學部”的名稱。gydjdsj.org.cn中國協(xié)和醫(yī)科大學與清華大學合作辦學，但兩校并未合并�！氨本﹨f(xié)和醫(yī)學院-清華大學醫(yī)學部”中的“北京協(xié)和醫(yī)學院”部分來自中國協(xié)和醫(yī)科大學，北京協(xié)和醫(yī)學院-清華大學醫(yī)學部”中的“清華大學醫(yī)學部”部分來自清華大學醫(yī)學院。
北京協(xié)和醫(yī)學院不是清華大學醫(yī)學部，清華大學醫(yī)學院最終將成為清華大學醫(yī)學部，屆時北京協(xié)和醫(yī)學院與清華大學醫(yī)學部作為兩個實體進行合作，共同建設“北京協(xié)和醫(yī)學院-清華大學醫(yī)學部”。
北京協(xié)和醫(yī)學院不屬于清華大學，北京協(xié)和醫(yī)學院只有臨床專業(yè)與清華大學合作，護理專業(yè)、附屬醫(yī)院、臨床教學基地和其它均屬于北京協(xié)和醫(yī)學院。清華大學醫(yī)學院的藥學專業(yè)、附屬醫(yī)院、臨床教學基地和其它均屬于清華大學。
