中國藥科大學隸屬教育部，是面向二十一世紀國家重點建設的一百所大學之一，中藥學院是學校的一個分院。
學院位于南京名勝燕子磯畔，座落在占地近400畝的中國藥科大學燕子磯校區(qū)，校園內(nèi)建筑依山就勢，風格獨特，環(huán)境優(yōu)美，具有濃郁的文化內(nèi)涵。
中藥學院前身為南京藥學院生藥系，80年代初改名為中藥系，1985年經(jīng)國家教委批準，籌建南京中藥學院，1986年根據(jù)國家教委決定，與南京藥學院合并，成立中國藥科大學，改稱中國藥科大學中藥學院。1998年12月，中藥研究所并入中藥學院。
中藥學院現(xiàn)設天然藥物化學、生藥學藥用植物學、中藥制劑學、中藥藥理學、中藥分析學和中醫(yī)藥學等6個教研室，另設生藥學、中藥復方學、中藥開發(fā)、遺傳育種學、中藥生物技術(shù)和中藥資源學等6個研究室；并附設有中藥標本館與藥用植物園。其中天然藥物化學教研室是我校國家級重點學科藥物化學學科的重要組成部分，生藥學科是國家級重點學科，現(xiàn)代中藥與天然藥物化學為江蘇省重中之重學科，學院還設有原國家醫(yī)藥管理局新藥研究管理中心南京中藥復方和質(zhì)量標準研究重點實驗室。
中藥學院現(xiàn)有學生近1600多名，其中本科生1220余名，碩士生和博士生400余名。根據(jù)教育部專業(yè)設置的要求，并考慮到學生畢業(yè)后的工作需要，本科生的培養(yǎng)在中藥學專業(yè)內(nèi)分設中藥分析、中藥制藥、中藥生物技術(shù)等三個專業(yè)方向。中藥學院設有國務院學位委員會批準的中藥學一級學科博士點，生藥學二級學科博士點，天然藥物化學是我校藥物化學博士點的重要組成部分，中藥藥理學是我校藥理學博士點的重要組成部分，另外還設有中西醫(yī)結(jié)合基礎的博士點。天然藥物化學、生藥學、中藥藥理學等學科作為我校藥學博士后流動站的重要組成部分，均可招收博士后研究人員。中國藥科大學是教育部指定的接收藥學類外國留學生的學校，作為我校培養(yǎng)留學生的重要基地，中藥學院每年招收較多來自世界各地的外國本科生、碩士生和博士生。
學院現(xiàn)有在編教職工97名，其中長江學者特聘教授2名，國家杰出青年基金獲得者4名，教授和研究員29名，副教授、副研究員27名。45歲以下的教授、副教授及年輕的學科帶頭人和骨干教師不斷涌現(xiàn)，全院現(xiàn)有博士生導師14名，其中45歲以下的有5名。已故著名中醫(yī)藥學家、中科院學部委員葉桔泉教授，著名生藥學家中國科學院院士徐國鈞教授在學院執(zhí)教終身。
近年來，學院承擔了多項國家攻關項目和國家自然科學基金項目及大量省部級重點科研項目。年均科研經(jīng)費超過600萬元。獲獎科研項目主要有:
1．“長沙馬王堆一號漢墓古尸研究”獲全國科學大會獎；
2．“常用中藥材品種整理和質(zhì)量研究” 獲國家科學技術(shù)進步一等獎；
3．“番紅花球莖復壯、增產(chǎn)技術(shù)及推廣研究” 獲國家科學技術(shù)進步二等獎；
4．“中藥材同名異物品種的系統(tǒng)研究、貝母類、金銀花類、大黃類、石斛類品種研究”獲國家科學技術(shù)進步三等獎；
5．“常用中成藥質(zhì)量檢測技術(shù)”獲國家醫(yī)藥管理局科學技術(shù)進步一等獎；
6．《中藥材粉末顯微鑒定》獲中華人民共和國新聞出版署頒發(fā)的全國優(yōu)秀圖書科學技術(shù)進步一等獎；
7．“銀杏葉提取物——總黃酮和總內(nèi)酯”獲國家中醫(yī)藥管理局中醫(yī)藥科學技術(shù)進步一等獎；
8．“生脈散復方化學成分動態(tài)變化與藥效關系的研究”獲國家中醫(yī)藥管理局中醫(yī)藥基礎研究一等獎；著名古方生脈散的基礎研究獲中國中西醫(yī)結(jié)合學會科學技術(shù)進步一等獎（省部級)；
9．“校內(nèi)藥用植物實習基地建設與教學實踐”獲國家教育委員會國家級教學成果二等獎。
10. 66種常用中藥材質(zhì)量標準及對照品的研究獲國家科技進步二等獎。
編著出版了《生藥學》、《方劑學》、《中藥制藥工程原理與設備》、《常用中藥材品種整理和研究》、《中藥顯微鑒定學》、《中國藥材學》、《中藥辭海》、《香港常用有毒中藥圖鑒》和中藥實驗課系列教材等數(shù)十部著作，每年在國內(nèi)外刊物上發(fā)表論文數(shù)百篇。近年來，發(fā)表論文1079篇，被SCI收載281篇，專利申請42項（其中5項為國際專利)，獲得專利授權(quán)28項。醫(yī)學全.在線gydjdsj.org.cn
學院十分重視產(chǎn)學研結(jié)合，先后與天津中藥集團、恒瑞醫(yī)藥股份公司、連云港正大天晴制藥集團、康緣制藥等數(shù)家大中型企業(yè)建立了良好的合作關系。研制的國家一類新藥—關附甲素已獲新藥證書并投入試生產(chǎn)，原料藥西紅花甙類、西紅花多甙片獲國家二類新藥證書，另外，尚有一批一、二、三類新藥正在研制中。每年以中藥新藥開發(fā)為主的應用研究項目經(jīng)費500萬元左右。在新藥開發(fā)研究中，學院各學科齊全配套，臨床前所有工作均可在院內(nèi)完成。學院現(xiàn)有國家新藥評審委員10名，涵蓋中藥新藥審評的所有學科。
