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《第二軍醫(yī)大學學報雜志社》為月刊，A4開本，80g銅版紙彩色雙膠印刷。國內(nèi)統(tǒng)一刊號：CN31-1001/R,國際標準刊號：ISSN0258-879X。國內(nèi)郵發(fā)代號：4-373，國外代號：M3852。
《第二軍醫(yī)大學學報雜志社》面向全國和海外作者征稿，主要報道基礎、臨床、預防、軍事醫(yī)學、藥學和中國醫(yī)學等領域的最新科研成果。由著名肝膽外科專家、國家最高科技獎獲得者吳孟超教授任主編。
《第二軍醫(yī)大學學報雜志社》主要欄目辟有：院士論壇、專家論壇、專題報道、論著、研究快報、臨床病理（例)討論、病例報告等欄目。
《第二軍醫(yī)大學學報雜志社》讀者對象主要為從事醫(yī)藥衛(wèi)生工作的中高級科研、醫(yī)療、教學、預防機構(gòu)人員和高等醫(yī)藥學院校的師生。
《第二軍醫(yī)大學學報雜志社》一直被《中文核心期刊要目總覽》確認為“中國綜合性醫(yī)藥衛(wèi)生類核心期刊”；是“中國科學引文數(shù)據(jù)庫統(tǒng)計源期刊”、“中國學術(shù)期刊綜合評價數(shù)據(jù)庫統(tǒng)計源期刊”；被包括中國學術(shù)期刊綜合評價數(shù)據(jù)庫、萬方數(shù)據(jù)——中國數(shù)字化期刊群等在內(nèi)的國內(nèi)所有重要檢索系統(tǒng)收錄，并被荷蘭《醫(yī)學文摘》（EMBASE)、美國《化學文摘》（CA)、英國國際農(nóng)業(yè)與生物科學中心（CABI)文摘數(shù)據(jù)庫、俄羅斯《文摘雜志》（РЖ)、波蘭《哥白尼索引》等國際檢索系統(tǒng)收錄。
《第二軍醫(yī)大學學報雜志社》自1980年以來，《第二軍醫(yī)大學學報》先后多次獲全國、全軍、教育部和省、市優(yōu)秀科技期刊評比一、二等獎。2002年獲得“第二屆國家期刊獎百種重點期刊獎”、2005年獲得“第三屆國家期刊獎提名獎”，2006年獲“首屆全國高校精品科技期刊獎”和全國高校優(yōu)秀科技期刊評比一等獎、2008年被評為首批“中國精品科技期刊”，并榮獲第二屆中國高校精品科技期刊獎。
該刊被以下數(shù)據(jù)庫收錄：
CA 化學文摘(美)(2014)
Pж(AJ) 文摘雜志(俄)(2014)
JST 日本科學技術(shù)振興機構(gòu)數(shù)據(jù)庫(日)(2013)
CSCD 中國科學引文數(shù)據(jù)庫來源期刊(2015-2016年度)(含擴展版)
北京大學《中文核心期刊要目總覽》來源期刊：1992年(第一版), 1996年(第二版), 2000年版, 2004年版, 2008年版, 2011年版, 2014年版
