目前最常用的方法是金胺－酚改良抗酸染色法，該法是采用金胺－酚染色法和改良抗酸染色法復(fù)染，以提高檢出率和準(zhǔn)確性。單用金胺－酚染色法或改良抗酸染色法，其效果均不如復(fù)染方法。檢查時(shí)，取患者腹瀉的新鮮糞便或經(jīng)10％ 福爾馬林固定保存（4℃ 1個(gè)月內(nèi))糞便，自然沉淀后用吸管盡可能取底部糞便，于載玻片上涂成糞膜，晾干后先用金胺－酚染色，再用改良抗酸染色法復(fù)染。
（一)金胺－酚染色法
1．染液配制
lg／L金胺－酚染色液（第一液)：金胺1g，石炭酸5．0g，蒸餾水100 ml ；3％鹽酸酒精（第二液)：鹽酸3 ml，95％酒精100 ml ；高錳酸鉀液（第三液)：高錳酸鉀0．5g，蒸餾水100 ml 。
2．染色步驟
滴加第一液于晾干的糞膜上，10～15 分鐘后水洗；滴加第二液，1分鐘后水洗；滴加第三液，1 分鐘后水洗；待干后置熒光顯微鏡下觀察。
低倍熒光顯微鏡下，可見卵囊為一圓形小亮點(diǎn)，呈現(xiàn)乳白色熒光。高倍鏡下卵囊呈乳白或略帶綠色，卵囊壁為一薄層，多數(shù)卵囊周圍深染，中央淡染，似環(huán)狀；或深染結(jié)構(gòu)偏位，有些卵囊全部為深染；但有些標(biāo)本可出現(xiàn)非特異的熒光顆粒，應(yīng)注意鑒別。
（二)改良抗酸染色法（modifieD acid－fast stain)
1．染液配制
石炭酸復(fù)紅染色液（第一液)： 堿性復(fù)紅4g，95％ 酒精20 ml，石炭酸8 ml，蒸餾水100 ml ；10 ％硫酸溶液（第二液)：純硫酸10 ml，蒸餾水90 ml （邊攪拌邊將硫酸徐徐傾人水中)；20g／L 孔雀綠液（第三液)：20g／L 孔雀綠原液1 ml，蒸餾水10 ml 。
2．染色步驟
滴加第一液于糞膜上，1．5～10 分鐘后水洗； 滴加第二液，1～10 分鐘后水洗；滴加第三液，1 分鐘后水洗；待干后置顯微鏡下觀察。染色后，卵囊為玫瑰紅色，圓形或橢圓形，背景為綠色。染色（1．5分鐘) 和脫色（2分鐘)時(shí)間短，卵囊內(nèi)子孢子邊界不明顯；染色時(shí)間長(zhǎng)（5～10 分鐘)，脫色時(shí)間相應(yīng)延長(zhǎng)時(shí)，子孢子邊界明顯，卵囊和子孢子均被染成玫瑰紅色，子孢子呈月牙形，共4個(gè)，其他非特異顆粒則染成藍(lán)黑色，容易與衛(wèi)生人才網(wǎng)卵囊區(qū)分。
不具備熒光顯微鏡的實(shí)驗(yàn)室，可染色后先在光鏡低、高倍鏡下過篩檢查，見有小紅點(diǎn)時(shí)再轉(zhuǎn)用油鏡觀察，這樣可提高檢出速度和準(zhǔn)確性。
（三)金胺－酚改良抗酸染色法
先用金胺－酚染色后，再用改良抗酸染色法復(fù)染，然后置光鏡下觀察。卵囊同改良抗酸染色法所見，但非特異性顆粒被染成藍(lán)黑色，兩者顏色顯然不同，極易區(qū)別，使檢出率和準(zhǔn)確性都明顯提高。
