2015年度杭州醫(yī)學(xué)會(huì)議暨浙江大學(xué)第46期基因組科學(xué)研習(xí)班簡(jiǎn)章
會(huì)議日期：2015.08.21-2015.08.28
會(huì)議地點(diǎn)：杭州
聯(lián)系人：代成林
聯(lián)系電話：18757558672
E-mail：daichenglin@zju.edu.cn
開 班 時(shí) 間：2015年08月21日-08月28日
上 課 地 點(diǎn)：杭州 浙江大學(xué)華家池校區(qū)
隨著眾多生物基因組測(cè)序項(xiàng)目的完成，生物學(xué)數(shù)據(jù)正在加速度增長。如何科學(xué)地分析和注釋這些高通量數(shù)據(jù)，已成為生物學(xué)工作者急需學(xué)習(xí)和解決的問題。
浙江大學(xué)“基因組科學(xué)”研習(xí)班邀請(qǐng)北京基因組所于軍教授、胡松年教授為您講授基因組學(xué)基礎(chǔ)知識(shí)和前沿進(jìn)展、基因轉(zhuǎn)錄組的測(cè)定及分析、基因芯片、二代測(cè)序等實(shí)驗(yàn)技術(shù)的關(guān)鍵事項(xiàng)；浙江大學(xué)楊軍教授、陳銘教授等講解系統(tǒng)生物學(xué)及高通量分析研究方法和思路。
本研習(xí)班多次獲得浙江大學(xué)優(yōu)秀項(xiàng)目創(chuàng)新獎(jiǎng)，目前已舉辦45期，學(xué)員來自全國30余個(gè)省市，累計(jì)培訓(xùn)學(xué)員4350余名。每次研習(xí)班不乏教授、博導(dǎo)參加，更受到博士后、碩博生等年輕學(xué)者的青睞。他們中有一些帶著課題或問題前來交流和聯(lián)系，不少學(xué)員通過本研習(xí)班建立了長期協(xié)作關(guān)系，共同申請(qǐng)國家973、863課題，共同發(fā)表論文，其中不少優(yōu)秀的研究成果，已在SCI期刊上發(fā)表。
一、培訓(xùn)班上課內(nèi)容
上課內(nèi)容涵蓋“基因組學(xué)—蛋白質(zhì)組學(xué)—系統(tǒng)生物學(xué)”的研究方法、技術(shù)思路、前沿進(jìn)展及其在各生物學(xué)科中的應(yīng)用。
核心課程包括：
1. 基因組的比較研究、DNA測(cè)序技術(shù)原理與進(jìn)展（講課人：于 軍 教授)
2. 轉(zhuǎn)錄組的測(cè)定與分析、大規(guī)模測(cè)序方法及應(yīng)用、微生物基因組學(xué)（講課人：胡松年教授)
3. 系統(tǒng)生物學(xué)建模分析及高通量分析技術(shù)應(yīng)用（講課人：楊軍、陳銘教授等)
4. 蛋白質(zhì)組學(xué)概論及應(yīng)用 （講課人：鐘伯雄教授)
二、培訓(xùn)班上機(jī)內(nèi)容
上機(jī)實(shí)習(xí)課采用 “跟我學(xué)”方式，學(xué)習(xí)實(shí)踐各類基礎(chǔ)生物信息學(xué)軟件，每人一臺(tái)PC機(jī)跟著大屏幕一步步學(xué)會(huì)基因組、蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)分析的基本方法gydjdsj.org.cn。
主要內(nèi)容如下：
實(shí)習(xí)一： 基因組數(shù)據(jù)注釋和功能分析
通過序列比對(duì)工具BLAST的學(xué)習(xí)，了解基因功能注釋的原理；介紹多序列聯(lián)配工具ClustalX及分子進(jìn)化分析軟件MEGA4，掌握系統(tǒng)發(fā)生樹繪制的基本方法，認(rèn)識(shí)基因復(fù)制在進(jìn)化上的功能。
實(shí)習(xí)二： 核苷酸序列分析
學(xué)習(xí)基因序列分析常用的數(shù)據(jù)庫和軟件，包括：基因預(yù)測(cè)，編碼區(qū)結(jié)構(gòu)分析，選擇性剪切分析，基因啟動(dòng)子預(yù)測(cè)，基因調(diào)控元件預(yù)測(cè)，密碼子偏好性分析等內(nèi)容。
實(shí)習(xí)三： 芯片的基本數(shù)據(jù)處理和分析
使用TM4軟件來實(shí)現(xiàn)芯片的數(shù)據(jù)采集，低質(zhì)量過濾，標(biāo)準(zhǔn)化處理及聚類等可視化分析；使用GenMAPP軟件挖掘芯片數(shù)據(jù)在代謝途徑中的生物學(xué)意義；介紹NCBI GEO數(shù)據(jù)庫，學(xué)習(xí)檢索和提交芯片數(shù)據(jù)。
實(shí)習(xí)四：蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能分析
從數(shù)據(jù)庫搜索感興趣的蛋白質(zhì)氨基酸序列開始，接著對(duì)蛋白質(zhì)基本理化性質(zhì)、二級(jí)結(jié)構(gòu)、和三維空間結(jié)構(gòu)和序列模體進(jìn)行分析，預(yù)測(cè)目標(biāo)蛋白的生物功能。
實(shí)習(xí)五： 蛋白質(zhì)組質(zhì)譜分析
使用X！Tandem、Mascot、Sequest等軟件鑒定蛋白質(zhì)質(zhì)譜數(shù)據(jù)，將質(zhì)譜結(jié)果匹配到蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫鑒定蛋白；使用TPP軟件包進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)分析和優(yōu)化檢索結(jié)果練習(xí)。
實(shí)習(xí)六：系統(tǒng)生物學(xué)軟件實(shí)習(xí)-----網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)顯示與分析
利用Cytoscape系統(tǒng)生物學(xué)分析軟件，分析蛋白－蛋白相互作用，展示分子網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)，并與基因表達(dá)等數(shù)據(jù)整合。
三、培訓(xùn)對(duì)象
1. 無生物信息學(xué)背景，希望了解生物信息學(xué)的學(xué)員；
2. 計(jì)劃開展各類組學(xué)研究的科研人員；
3. 已有組學(xué)數(shù)據(jù)需了解分析方法的研究人員；
4. 有志從事生物信息學(xué)相關(guān)工作的學(xué)生或者技術(shù)人員。
四、報(bào)名方法
若有參加意向，請(qǐng)直接將回執(zhí)發(fā)至genetrain@zju.edu.cn，我們會(huì)即刻回函并在浙江大學(xué)繼續(xù)教育系統(tǒng)錄入，待排定課表后發(fā)給您詳細(xì)課程表。待您再次確認(rèn)后，發(fā)給您報(bào)到通知并排定上機(jī)號(hào)。培訓(xùn)結(jié)束，發(fā)放浙江大學(xué)繼續(xù)教育證書。
五、教材
“DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具”（第三版)， 薛慶中等編著，科學(xué)出版社出版 2012年6月發(fā)行。如需額外購買可聯(lián)系會(huì)務(wù)組
六、其他事項(xiàng)
收費(fèi)標(biāo)準(zhǔn)：注冊(cè)費(fèi)為￥3000/人（包含培訓(xùn)費(fèi)、教材費(fèi)、資料費(fèi)；現(xiàn)金、刷卡或轉(zhuǎn)賬) 食宿統(tǒng)一安排，費(fèi)用自理。
聯(lián) 系 人：代成林 18757558672 咨詢電話：0571-88206579
電子郵件地址：genetrain@zju.edu.cn; daichenglin@zju.edu.cn
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